Harmincnyolc nappal a Hitomi felbocsátása után megszűnt vele a rádiókapcsolat. Az utólagos vizsgálat arra derített fényt, hogy a bajok okozója a forgást mérő berendezés meghibásodása volt. Ez annak ellenére jelzett óránkénti 21,7 fokos elfordulást, hogy az űreszköz pozíciója stabil volt. A hibás jelzésre reagálva a műhold automatikája megpróbálta kompenzálni az – egyébként nem létező – elfordulást, ami miatt viszont az ellenkező irányba kezdett forogni. Az egymást követő hibás lépések miatt a Hitomi egyre gyorsabb pörgésbe kezdett, míg végül leszakadtak róla a gyengébb részek, és darabjaira hullott. Tehát sajnálatos módon rövidre sikerült pályafutása, de ez nem jelenti azt, hogy a küldetés teljesen eredménytelen lett volna.
„A Hitomi műholdnak harmincszor nagyobb spektrális felbontása volt a röntgentartományban, mint bármely más korábbi eszköznek. Már emiatt is biztosra lehetett venni, hogy kiváló új felfedezéseket fog tenni – nyilatkozta lapunknak a kutatásban részt vevő Werner Norbert, a Magyar Tudományos Akadémia – Eötvös Loránd Tudományegyetem Lendület Forró Univerzum Kutatócsoport vezetője. – Bár a műhold sajnos öt héttel az indítása után elpusztult, már a küldetés hetedik napján a Perseus galaxishalmaz felé irányítottuk, és háromnapos mérést végeztünk. Ezt azért tettük meg, mert arra gondoltunk, hogy bármi történjék is a misszió során, legyenek adataink, amelyek megmutathatják, hogy ez a spektrális felbontás mi mindenre képes, mi újat hoz a csillagászat számára.”
A demonstráció fényesre sikeredett, ugyanis a háromnapos megfigyelésből, amelynek, Werner Norbert szavaival, „csak ízelítőt kellett volna adnia” arról, hogy mi várható a projekttől, legalább tizenkét közlemény íródott eddig. Így ez lett a Hitomi-misszió hagyatéka. A Perseust azért választották első célpontnak, mert a röntgentartományban ez a legfényesebb galaxishalmaz az égen. A galaxisok nem véletlenszerűen oszlanak el az univerzumban, hanem halmazokba tömörülnek. E halmazok több tíz – több száz galaxist tartalmaznak, ezzel a világűr legnagyobb objektumai. De a galaxisok égitestjei tömegüket tekintve csak a jéghegy csúcsát alkotják.