Ám Európa tiltakozása egy idő után hatással volt a bécsi udvarra is, és 1850. március 9-én arra kötelezte Haynaut, hogy a haditörvényszék által hozott ítéleteket terjessze fel a belügyminisztériumba jóváhagyás végett. Haynau elveszítette teljes hatalmát, amit azzal bosszult meg, hogy március 13-án 403 ítéletet megsemmisített, amnesztiát adva a vádlottaknak. (A 403-ból 290 halálos ítélet volt.) Néhány nap múlva Haynau újabb 34 halálraítéltnek kegyelmezett meg, s a korábban még kegyetlenséget kifogásoló udvar az irgalmasságát végképp nem viselte el, és 1850. július 6-án menesztette.
Ám a megtorlás ezzel még nem ért véget. 1851. szeptember 22-én a forradalom és szabadságharc 36 vezéralakját távollétükben, in effigie akasztották fel. De még 1854-ben is akasztottak, sajnos valóságosan, egy állítólagos összeesküvés résztvevőit. Nem végleges adatok szerint 123 embert végeztek ki, 1200-at börtönöztek be, 40-50 ezret kényszerítettek az osztrák hadseregbe. Ötezer ember menekült Törökországba, néhány százan Ausztrián keresztül vergődtek el Nyugat-Európába. Érdekesség, hogy a törökországi emigránsok közül, amnesztia ígéretével, 1849. október 21-én 3050 fő hazatért.
