A ciszterci rend az 1910-es évek elején vásárolta meg a Gellért-hegy lábánál lévő Ménesi út és Villányi út közé eső területet a gimnázium számára, az építkezéshez szükséges pénz azonban még hiányzott. Az alapító, Békefi Remig kérvényt nyújtott be a székesfővároshoz, amelyet a közgyűlés rövid idő után elfogadott, és rendelkezésükre bocsátott egy területet „a Váli utcai községi elemi iskola épületének III. emeletén lévő helyiségeket a rend által létesítendő gimnázium elhelyezése céljából”.
Az iskola monográfiája szerint „a budai Szent Imre Főgimnázium első osztályának tanévnyitóját venisanctéját Békefi Remig apát úr mondta 1912. szeptember 5-én, majd megindult a tanítás”.
Az első igazgató Bitter Illés volt. A tantestület mindössze 4 főből állt, az első évfolyamra 48 diák íratkozott be. 1919–1920-ban érettségizett az első végzős osztály.
A kereszténység tanításait méltóan képviselő és közvetítő gimnázium a húszas évek elejére a főváros és az ország egyik legismertebb középfokú intézménye lett színvonalas nevelési és pedagógiai munkájának köszönhetően.
1919-ben Brisits Frigyes irodalomtudós megalapította az intézmény első önképzőkörét, s még ebben az évben összeállt a 25. számú Szent Imre Cserkészcsapat is. Bitter Illés megszervezte az iskola énekkarát, amelyet Rajeczky Benjámin vezetett, majd 1926-ban egy zenekar is megalakult.
A világháború alatt az iskola látványos fejlődése hirtelen megtorpant, és ezzel az önálló gimnáziumépület terve ideiglenesen meghiúsult. 1924-ben elhunyt az alapító. Békefi Remig apátot a kormány nevében Klebelsberg Kunó kultuszminiszter búcsúztatta.
Werner Adolf apát mellett Kis Albin irodaigazgató és Hagyó Kovács Gyula, a rend előszállási uradalmának vezetője folytatta az alapító tevékenységét. A húszas évek közepén ismét lehetőség nyílt arra, hogy a Villányi úti telken megkezdődjön az építkezés. A kormány egyértelműen támogatta a terveket, ezt jelzi az is, hogy 1927-ben az alapkőletételkor Klebelsberg Kunó „bontotta meg” kapával a földet.
A neobarokk jellegű iskolaépületet Walder Gyula műépítész, egyetemi tanár tervezte. 1929 nyarán megkezdődött a költözködés a Váli úti házból. Az első ünnepi szentmisét Bitter Illés igazgató celebrálta szeptember 8-án az iskola kápolnájában. Az iskolaalapítást a kormány nemcsak anyagiakban támogatta, de szeptember 15-én az avatóünnepségen a méltóságok sorában a kormányzó is megjelent.
Az iskola monográfiája így emlékezik az ezt követő esztendőkre: „Nagyszerű új korszak kezdődött, amelynek jelentősége – és ez bízvást mondható – országos érvényre emelkedett, lévén a rendkívül magas színvonalú pedagógiai munka eredményeként a tudományok, művészetek és a közélet majdani kiválóságainak egész sora készült fel itt a továbbtanulásra és általában „az életre”, de aki nem is emelkedett (emelkedhetett) később jeles pozícióba, az is magával vitte a magas szintű tudást, igényességet és a ciszterci szellemiség ihletését, amiről olyan sokan emlékeznek meg mindmáig (akár életük alkonyán) a valamikori diákok közül”.
1939-ben Brisits Frigyes lett az igazgató. Addigra a Ciszterci Rend Szent Imre Gimnázium nyolcszáz növendékével az ország egyik legjelentősebb középiskolája lett.
A gyönyörű épület súlyosan megsérült a háborúban. A növendékek és a szülők segítségével helyrehozták a károkat, a munka azonban 1948-ban, az egyházi iskolák államosításával megszakadt.
Brisits Frigyes igazgató 1948. májusban, a reménytelen helyzetben kijelentette: „Mi itt állunk, mi itt várunk, mi itt maradunk!” 1949-ben „Budapesti XI. ker. Állami Szent Imre Gimnázium” néven működött az intézmény, 1950-ben pedig József Attila nevét vette fel. Négy évtizedig az iskola méltóan őrizte a múlt hagyományait, annak ellenére, hogy egy egészen más követelményrendszernek kellett megfelelnie. A tradíciók tiszteletének köszönhetően a József Attila gimnáziumot az ország egyik legjobb középiskolájának tartották.
A rendszerváltozás után a rend visszakérte az iskolát az államtól. 1992 szeptemberében megkezdődött az oktatás az első egyházi osztályokban, 1997-ben pedig újra indult a Budai Ciszterci Szent Imre Gimnázium. A keresztény szellemiséget képviselő iskola „a ciszterci családiasság szellemében” komolyan törekszik annak érvényesítésére a mindennapi gyakorlatban.
Kőnig doki és J.Lo a Harcosok Klubjában
