A merényletet minden bizonnyal azért rendelték meg a szovjet biztonsági szervek, mert a lengyel pápa, Karol Wojtyla támogatta hazájában a kommunistaellenes Szolidaritás szervezetet, és ezzel gyengítette Moszkva kelet-európai befolyását.
A német kormány olyan adatokat hozott nyilvánosságra a Stasi archívumából, melyek bizonyítják azt a feltevést, hogy a KGB rendelte el a merényletet, s a bolgár titkosszolgálat vállalta el a végrehajtó szerepét, míg Kelet-Németország titkosrendőrségére hárult a szerep, hogy felügyelje a merénylet egészét, eltüntetesse a nyomokat, és hamis irányba terelje a nyomozást. A bolgár szervek a török Ali Agcát bízták meg a végül sikertelen merénylet kivitelezésével.
Mint arról az olasz Corriere della Sera mellett belga lapok is beszámoltak, a Stasi-iratokat a német kormány megküldte Bulgáriának, s rövidesen Olaszország is megkapja őket. Az aktákra leginkább az olasz parlament Mitrohin-bizottságának van szüksége, amely a közép-kelet-európai országok egykor Itáliában működő titkosszolgálatainak tevékenységét vizsgálja.
A Corriere della Serra úgy tudja, hogy az ügy számos irata Szófiában található. Arról a hivatalos felkérésről van szó, melyet a Stasi küldött a bolgár kollégáknak a nyomok eltüntetését kérve. Az olasz lap II. János Pál emlékiratait idézi; Karol Wojtyla szintén arról ír, hogy „Ali Agca bizonyára nem maga tervezte el a merényletet, hiszen valaki megtervezte, s valaki irányította azt.„
Mint ismeretes, 1981. május 18-án Ali Agca a Szent Péter téren rálőtt II. János Pálra, aki súlyos hasi sérüléseket szerzett a merényletben. 2001. május 29-én a CBS amerikai tévéállomás egyórás adásban számolt be a török terrorista levélben megküldött újabb vallomásáról. Ali Agca elmondta: a KGB tisztje, Stefan Markov azzal fenyegette meg, hogy ha beszél, akkor megöli. Markov ma Szófiában él, és ügyvédként tevékenykedik. A műsorban egyértelműen tagadta Agca állításait: sem Bulgária, sem a KGB nem vett részt a pápa elleni merényletben.
Ezzel kapcsolatban megkérdezték Ferdinando Imposimat nyomozót, aki a merénylet kapcsán felmerült bolgár vonal felderítésével foglalkozott. Mint mondotta, Agca ezen vallomásáról neki már három éve tudomása volt, és neki is az a meggyőződése, hogy a szovjet titkosszolgálat állt a merénylet hátterében.
Órákon át hallgattak ki egy újságírót Lakatos Márk pedofilbotrányáról