A november elsején hivatalba lépő testületbe, amely az EU központi javaslattevő-végrehajtó intézménye, mind a 28 tagállam egy főt jelölt. Az új magyar EU-biztos – Andor László utódja – Navracsics Tibor volt miniszterelnök-helyettes, közigazgatási és igazságügyi miniszter, későbbi külgazdasági és külügyminiszter. A 751 tagú EP-ben 699-en adták le voksukat. A bizottság mellett 423-an, ellene 209-en szavaztak, 67-en pedig tartózkodtak.
A Juncker-bizottságot lényegében a jobbközép néppárti, a balközép szociáldemokrata, valamint a liberális frakció „koalíciója” szavazta meg. A konzervatívok előre tartózkodást jelentettek be, a radikális baloldaliak és a zöldek pedig azt közölték, hogy nemmel szavaznak. Az erősen euroszkeptikus, illetve a kifejezetten unióellenes képviselők értelemszerűen a bizottság ellen voksoltak, túlságosan „föderalistának” tartva Juncker törekvéseit.
A zöldek vezérszónoka hangsúlyozta: a testület egészére vonatkozó ellenzésük, a néppárti-szociáldemokrata-liberális „kórushoz” való csatlakozás elutasítása nem jelenti azt, hogy a biztosok számottevő részét ne tartanák szakmailag és emberileg alkalmasnak, és hogy a zöldek ne lennének elkötelezett Európa-pártiak.
A zöldpárti és a radikális baloldali vezérszónok is bírálta ugyanakkor, hogy a magyar Navracsics Tibor megkapta azt a portfóliót, amelyhez az oktatás és a kultúra is tartozik.
Navracsics Tibornak eredetileg a kulturális, oktatási, ifjúságpolitikai és uniós polgársági felelősségi területet szánta Juncker. Az EP illetékes szakbizottsági képviselői azonban Navracsics meghallgatása, majd a neki írásban feltett pótkérdések szintén írásbeli megválaszolása után – 15 igen, 10 nem szavazattal, 2 tartózkodás mellett – úgy foglaltak állást, hogy a magyar jelölt alkalmas EU-biztosnak, ám a konkrétan előterjesztett portfólióra való alkalmasságot illetően már 14-en Navracsics ellen szavaztak, 12-en mellette, és 1 képviselő tartózkodott. Ennek nyomán Juncker az uniós polgárság területét átutalta a görög belügyi EU-biztos illetékességébe, ezzel egyúttal pedig a magyar jelöltet a sportügyek felügyeletével is megbízta.