Nisman tíz éve dolgozott az AMIA Buenos Aires-i zsidó kulturális központ elleni 1994-es véres merénylet ügyében folyó vizsgálaton, és ennek keretében január 13-án megvádolta az államfőt azzal, hogy akadályozza a merénylet feltételezett iráni felelősei utáni nyomozást. Nismant vádjával kapcsolatban 19-én meghallgatta volna a kongresszus, de előző nap holtan találták otthonában. A fejbe lőtt ügyész holtteste mellett egy fegyver és egy töltényhüvely volt.
A nyomozók először öngyilkosságot állapítottak meg, és ennek akkor hitelt adott a kormány is, de a boncolási eredmény már arról szólt, hogy az ügyészt meggyilkolták. Az elnöki hivatal ezután már egy hírszerzői konspirációs elmélettel magyarázta Nisman megölését. A jelenlegi hivatalos álláspont szerint a Secretaría de Inteligencia (SI) menesztett ügynökei követték el a gyilkosságot, akik előzőleg szándékosan félrevezették az ügyészt, abba az irányba terelve őt, hogy az elnököt vádolja meg az AMIA-ügy vizsgálata során.
Kirchner elnök decemberben menesztette az SI három magas rangú vezetőjét, mert azzal gyanúsította őket, hogy nem voltak lojálisak a kormánnyal szemben. Az argentin ellenzék és mások is azonban a kormányt sejtik Nisman meggyilkolása mögött.
Az ügyészség 2006 óta követeli Teherántól nyolc iráni tisztségviselő kiadatását az AMIA-ügyben. Nisman azt állította, hogy birtokába kerültek hangfelvételek olyan telefonbeszélgetésekről, amelyek szerint Irán Argentínának előnyös kereskedelmi szerződések ígéretével elérte a Buenos Aires-i kormánynál, hogy megpróbálja akadályozni a nyomozást.
Az iráni és az argentin kormány 2013-ban megállapodott abban, hogy közösen létrehoznak egy vizsgálóbizottságot, amely Teheránban hallgatná ki az argentin ügyészség által az 1994-es merénylet kitervelésével gyanúsított tisztségviselőket. Az argentin ellenzék és az argentínai zsidó közösség hevesen bírálta ezt a megállapodást.
Nisman ügyész vádjait az elnök és kormánya tagjai nevetségesnek nevezték. Kirchner elnök Nisman meggyilkolása óta először jelent meg a nyilvánosság előtt hétfőn. Bejelentette, hogy az 1946-ban alapított és most feloszlatandó SI helyett létrehozzák a Szövetségi Hírszerző Ügynökséget (AFI). Az AMIA-ügyről szólva kijelentette: „ésszerűtlen” a kormányát azzal vádolni, hogy védeni akarja a merénylet feltételezett iráni felbujtóit. Hozzátette, hogy nem létezik semmiféle titkos megállapodás Buenos Aires és Teherán között.
