Az elkövetők feltételezett motivációi között a politikai, ideológiai, faji, nemzetiségi vagy vallási indíttatás szerepel a vádiratban.
A Roszbalt orosz hírügynökség március 9-én rendőrségi forrásokra hivatkozva azt állította, hogy Zaúr Dadajev – volt csecsen belügyi katona, a Nyemcov-gyilkosság ügyében letartóztatott öt gyanúsított egyike – a kihallgatás során arról beszélt: 2015 januárjában szerzett tudomást arról, hogy „Borisz Nyemcov nemegyszer negatívan nyilatkozott az Oroszországban élő muszlimokról, Mohamed prófétáról és az iszlámról”. Minthogy mélyen vallásos ember, ezt nem tűrhette el – mondta Dadajev. A bíróságon az újságírókhoz fordulva kijelentette, hogy szereti Mohamedet.
Egy héttel később a Polgárjogi Bizottság (ONK) jogvédő szervezet munkatársai arról tájékoztattak, hogy Dadajev vallomását feltehetően fizikai nyomás hatására tette. Másnap a gyilkosság fő vádlottjának ügyvédje, Ivan Geraszimov cáfolta, hogy védencét bántalmazták volna a kihallgatás során, és megerősítette, hogy beismerő vallomást tett.
Az orosz ellenzék megrendelt politikai gyilkosságnak tartja az RPR-Parnasz és a Szolidaritás mozgalom társelnökének, az egykori orosz miniszterelnök-helyettesnek a megölését. A hatalom ezzel szemben azt állítja, hogy a belpolitikai helyzet megingatására irányuló kísérlet húzódhat meg a gyilkosság mögött.
