A kábítószeren kívül van más probléma is a főleg keresztények lakta Fülöp-szigeteken: ugyanis rengeteg fejfájást okoz az iszlamista Abu Szajjaf nevű terrorszervezet. A harcok a szélsőségesek és az állam között évtizedek óta tartanak, és Duterte kizárta, hogy tárgyaljon a lázadókkal, az elnök szerint ugyanis ha a hadsereg nem zúzza szét ezt a csoportot, akkor előbb-utóbb megveti a lábát az országban az Iszlám Állam is. Ennek a feltételezésnek az lehet az alapja, hogy egy júniusi videofelvétel tanúsága szerint a Közel-Keletet feldúló terrorszervezet elfogadta az Abu Szajjaf embereinek hűségesküjét. Duterte ugyanakkor már nem sokkal beiktatása után egyoldalú tűzszünetet hirdetett a központi kormánnyal szintén régóta harcban álló maoista gerillákkal szemben. Ugyanerre kérte a másik felet is, mondván, véget kell vetni a több évtizedes vérengzésnek.
Nem tudni még viszont, hogy mi lesz a halálbüntetés kérdésével. A legsúlyosabb büntetést ugyan 2006-ban eltörölték a Fülöp-szigeteken, ám Duterte már a választási kampányban kiállt az újbóli bevezetés mellett. Amennyiben sikerül elfogadtatnia, az egyik főbenjáró bűn – nem meglepő módon – a drogcsempészet lenne.
