Bulgakov 1932–33-ban megrendelésre ismeretterjesztő regényt írt Moliere-ről, illetve áttételesen a színház és a hatalom viszonyáról, ebből született az Álszentek cselszövése című színdarabja. (Magyarországon Álszentek összeesküvése, illetve Képmutatók cselszövése címmel is bemutatták művét.)
Színházi regény című munkájában keserű alapossággal mutatta be a színházi világban szerzőként és olykor színészként megjárt kálváriáját.
Élete utolsó éveiben, már súlyos betegségével küszködve, írt még néhány operalibrettót és egy darabot Sztálinról, amelyet azonban a cenzúra elutasított. A Mester és Margarita című regényét már súlyos betegen fejezte be, ezután állapota rohamosan romlott. Látását szinte teljesen elvesztette, 1940. március 10-én moszkvai otthonában halt meg vesezsugorban.
Az életpályáját lezáró A Mester és Margarita című filozofikus-szatirikus műben lemondott az időrendiségről, és több síkra helyezte a cselekményt. Az egyik sík a harmincas évek Moszkvájának szatirikus képe, amelyben Woland mágus alakjában megjelenik a Sátán és fantasztikus kísérete.
Egy másik szálon fut a Mester és Margarita csodás eseményekkel átszőtt szerelmi története. A filozófiai mondandót a Mester irodalmi alkotása, a betétregény hordozza, amely Poncius Pilátus és Jesua-Jézus összecsapásán keresztül a hatalom és a jóság konfliktusáról szól. A regény hosszú évekig kéziratban hevert, csak 1966–67-ben jelentették meg az akkori Novij Mir című irodalmi folyóiratban.
Bulgakov posztumusz rehabilitációja csak a hatvanas évek elején kezdődött meg. Kiadták néhány elbeszélését, drámáját, de a nagy művek teljes megjelenésére az orosz közönségnek a nyolcvanas évekig várni kellett. Többet meg is filmesítettek (Fehér gárda, Kutyaszív, A Mester és Margarita), darabjai közül sokat Magyarországon is bemutattak. Nevét egy 1982-ben felfedezett aszteroida is viseli.
