A pápához intézett kétségeket (dubia) 2017 szeptemberében egy külön erre létrehozott, több nyelvű honlapon közölték: a 62 egyházi személy és laikus egyháztudós által aláírt Correctio filialis (Egyházfiúi helyreigazítás eretnekségek terjesztése miatt) huszonöt oldalon át hét vitás ponton szorgalmazta az egyházfő „tévedéseinek” korrekcióját. Ezek – az aláírók szerint – hamisak és eretnekségre adnak lehetőséget, ezért a pápának el is kell határolódnia korábbi kijelentéseitől. Hasonló igazítási követelést utoljára a 14. században intéztek a római pápához.
Ferenc pápa a Summa familiae cura (Család legfőbb védelme) motu proprio apostoli levéllel reagált, amellyel létrehozta a II. János Pál Pápai Teológiai Intézetet a házasság- és családtudomány számára. Vagyis korrekció helyett a pápa az általa megkezdett úton haladt tovább.
A Vatikánon belüli ellentéteket erősítette meg Gerhard Ludwig Müller bíborosnak, a Hittani Kongregáció volt prefektusának november végén az olasz sajtónak adott interjúja, amelyben nyíltan a tradicionalista és progresszív egyházi csoportok ellentétéről beszélt hangsúlyozva, hogy a pápa nem hagyhatja figyelmen kívül a kritikus hangokat.
A vatikáni pénzügyi-gazdasági reformokkal megbízott George Pell bíboros, a pénzügyi titkárság vezetője felfüggesztette munkáját az Ausztráliában ellene pedofília vádjával zajló büntetőper miatt. Ezzel egy időben a Szentszék júliusban Libero Milone főrevizort, majd Giulio Mattiettit, az IOR vatikáni bank vezetőjét bocsátotta el. Mindkettőjük esetében bizalmas vatikáni dokumentumok eltulajdonításának gyanúja merült fel. A vatikáni bíróságon októberben zárult le a Bambin Gesu római egyházi kórház sikkasztással vádolt igazgatójának pere, akit egy évre ítéltek. Mint kiderült, a pénz egy része Tarcisio Bertone bíboros, volt szentszéki államtitkár vatikáni lakosztályának felújítását szolgálta.
