Végül be is váltotta az ígéretét: a többéves boszniai háborúban 31 ezer bosnyák katona és még ennél is több, 32 ezer bosnyák civil lakos halt meg. Habár a délszláv háborúk során több helyen is sor került tömeggyilkosságokra, ezek közül az 1995-ös srebrenicai vérengzés messze kiemelkedett: a második világháború óta Európában ez volt a legvéresebb tömegmészárlás, amit elkövettek.
1995. július 6-tól 26-ig a boszniai szerb erők mintegy nyolcezer boszniai férfit és fiút gyilkoltak meg, majd tömegsírokba temették őket. Mikor később napvilágra került a brutális gyilkosságsorozat, felső utasításra kihantolták a halottakat, és szétszórva kisebb tömegsírokba temették őket. Így nem véletlen, hogy a háborút lezáró daytoni békeegyezmény óta még napjainkban is előfordul, hogy újabb tömegsírokat fedeznek fel: olyan áldozat is akadt, akinek a maradványait több különböző helyen találták meg.
Karadzic erről később azt mondta: a srebrenicai vérengzés csupán mítosz, a bűncselekményeket a muzulmánok követték el, majd a boszniai szerbekre terelték a gyanút.
Mindenesetre Karadzic a boszniai háború végeztével eltűnt a felelősségre vonás elől, de a feltűnési viszketegsége nem hagyta nyugodni: először Dragan Dabic álnéven természetgyógyászként kereste a kenyerét, majd nyilvános előadásokat kezdett tartani. Olykor-olykor még emelte is a tétet: kiadatta a legújabb verseit, sőt még olyan katonai veterán kocsmákba is járkált, ahol a falon éppen az ő fényképe lógott: a hosszú szakállt növesztett öregembert persze nem ismerték fel a kocsma vendégei.
Aki azonban szeret játszani a tűzzel, előbb vagy utóbb mindig megégeti magát: 2008 nyarán valaki felismerte a sarlatánt. Ugyan később felmerült egy olyan verzió is, hogy egy mobilhívás buktatta le a szökevényt, annyi bizonyos: a hatóságok pontosan tudták, kit kell keresniük aznap, amikor letartóztatták. Júliusban pedig Karadzic már a hágai bíróság elé is került: itt közel nyolc évig ismételgette, hogy őt nem megbüntetni, hanem kitüntetni kellene.
