Bojtár Endre tanulmányait az ELTE bölcsészkarán végezte 1963-ban orosz–cseh szakon. Ugyanebben az évben az MTA Irodalomtudományi Intézeténél a kelet-európai irodalmak összehasonlító történetével kezdett foglalkozni, később az irodalomelméletben mélyedt el.
1964–1965 között ösztöndíjas volt Lengyelországban. 1967–1971 között pedig a Helikon című folyóirat főmunkatársaként tevékenykedett. 1986-ban lett a közép- és kelet-európai irodalmak osztályának osztályvezetője. 1977–1980 között a József Attila Tudományegyetemen közép- és kelet-európai irodalomtörténetet adott elő. 1989-től szerkesztette a 2000 című folyóiratot. 1991–1994 között a Central European University Comparative Literature programját igazgatta. 1997-ben vendégkutatóként dolgozott Bécsben.
