A töretlen fejlődés a második világháború idején torpant meg. 1942-ben a zsidótörvények miatt megfosztották vezérigazgatói tisztségétől, majd a gyárából is kitiltották, de bizalmas munkatársai útján otthonából illegálisan irányította a céget. 1944 őszén a gyár tevékenysége szinte teljesen megbénult, a legjobb szakemberek külföldre menekültek. Ő is Svájcba távozhatott volna még, de nem akarta elhagyni vállalatát. A nyilas rémuralom idején elhurcolták, és a pesti Duna-parton sorstársaival együtt kivégezték. Halálának feltételezett időpontja 1944. december 30.
Richter Gedeon neve máig fennmaradt. Gyára 1945-ben a régi nevén kezdett ismét működni, de az államosításkor Kőbányai Gyógyszerárugyárra nevezték át. Külföldön továbbra is a régi nevet használták, mert az új elnevezést egyetlen külföldi partner sem tudta kiejteni, az iparjogvédelmi jogok jogosultja pedig amúgy is a Richter Gedeon Vegyészeti Gyár volt. A rendszerváltás időszakában, 1990-ben a céget Richter Gedeon Rt. néven jegyezték be a cégbíróságon.
Születésének századik évfordulóján, 1972-ben emlékérmet alapítottak Richter Gedeon tiszteletére, az Üllői úti Sas Gyógyszertárat pedig emléktáblával jelölték meg.
