Nem hozták még nyilvánosságra, milyen vádakkal fog az iszlám vezető bírái elé állni. Korábban azt hozták fel ellene, hogy szellemi vezetője volt a Dzsemáa Iszlámíja délkelet-ázsiai terrorszervezetnek, amely egyébként a bali robbantásokat is magára vállalta. Bashir tagadta, hogy kapcsolatban állna a terrorszervezettel. Szerinte az Egyesült Államok azért üldözi őt, mert több alkalommal felemelte a hangját a muzulmánokat ért hátrányos megkülönböztetés ellen.
A vallási vezetőt egyébként április végén a törvény szerint el kellett volna engedniük, de a terrorizmussal kapcsolatos vádak alapján további hat hónapig előzetes letartóztatásban tarthatják. Egyes vélemények szerint a politikai érintettség miatt nem nyilatkoznak a tisztviselők a vádakról, ám megfigyelők szerint a lépés tipikus esete annak, amikor külföldi államok beleavatkoznak egy másik ország belügyeibe. Egy indonéz titkosszolgálati illetékes március végén azt mondta, hogy felfedeztek egy levelet, amelyet a Dzsemáa Iszlámíja két magas rangú vezetője írt Bashirnak, és ebben őt emírjüknek nevezik. A nyilatkozó úgy vélte akkor, hogy a levél bizonyítja: Bashir a terrorcsoport valódi vezetője, és ez elég az új per megindításához. Ugyanakkor a rendőrség állítólag információkat kapott Bashir ellen Hambalitól, aki a Dzsemáa Iszlamíja vezérkari főnökének tekinthető, s jelenleg amerikaiak tartják fogva.
Bashirt korábban azzal vádolták, hogy mint a terrorcsoport fontos figurája, lépéseket tett a kormány megbuktatására és a hatalom átvételére. A bíróság 2003 szeptemberében megalapozatlannak ítélte a vádakat, Bashirt pedig felmentette. A börtönt mégsem kerülhette el, ugyanis bevándorlási törvények megsértése miatt elítélték.

Elsőfokú riasztást adott ki a HungaroMet