Dallit két évvel ezelőtt kényszerítette lemondásra akkori főnöke, Barroso, miután felvetődött, hogy a máltai biztos egyik munkatársa állítólag 60 millió eurót kért a Swedish Match svéd dohánygyártó vállalattól a dohányiparra vonatkozó uniós törvények megváltoztatásáért cserébe. Bár az EU csalás elleni hivatala, az OLAF bizonyítékot talált arra, hogy Dalli tudott munkatársa vesztegetési kísérletéről, a máltai nyomozó hatóságok szerint nem állt elég bizonyíték rendelkezésre, így nem helyezték vád alá a politikust.
John Dalli váltig állítja, semmit sem tudott a megvesztegetésről, ő maga pedig az Európai Bizottság és a dohányipar áldozata, akik mindent megtettek azért, hogy akadályt gördítsenek szigorú dohányellenes tervei elébe. Dalli szerint Barroso mindig is ellenezte az új dohányellenes EU-szabályozást, amely idén májusban lépett hatályba. (A törvények többek között arról rendelkeznek, hogy a képes egészségügyi figyelmeztetéseknek domináns helyet kell kapniuk a cigarettásdobozon.) A máltai politikus beperelte az EB-t, s azt követeli, hogy a bíróság nyilvánítsa érvénytelenné eltávolítását az egészségügyi biztosi posztról. Barroso szerint Dallit senki sem kényszerítette lemondásra, hanem önszántából távozott.
A Dalli-botrány számos olyan vádat szült, amelyek szerint Barroso és emberei titkos találkozókat tartottak a dohányipar lobbistáival, az EB azonban mindent tagad. A nagyvállalati lobbitevékenység feltárásával foglalkozó egyik nonprofit szervezet feljelentése alapján Emily O’Reilly európai ombudsman vizsgálatot indított annak kiderítésére, hogy az Európai Bizottság miért nem tette közzé annak a tizennégy megbeszélésnek a részleteit, amelyek az EB tagjai és a dohánygyártó vállalatok képviselői között zajlottak. Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) dohányzás-ellenőrzési keretegyezményének aláírójaként az EU-nak ezt kötelessége lett volna megtenni.
