Sokat vádolták azzal, hogy nem tud gitározni, erre született csattanós válaszként a nyolcvanas években két gitáralbuma. Hangterjedelme nem volt nagy, saját bevallása szerint egy meghallgatáson megbukott volna, mégis szuggesztív előadó volt.
Nem ritkán három-négy órás koncertjei különös élményt jelentettek, telve happeningekkel, váratlan fordulatokkal. A műsor nem egyszer a közönség szidalmazásával kezdődött, műanyag babákkal imitálta a szeretkezést. Olykor a sors is közbeszólt: 1971-es turnéján leégett együttese felszerelésének java része (a tűz látványa ihlette a Deep Purple Smoke on the Water című örökzöldjét), ezután a londoni koncerten súlyos sérüléseket szenvedett, mert egy rajongója lelökte a színpadról, amikor visszatért, egy ideig tolószékben ülve koncertezett.
Pályatársai nagy részétől eltérően sem drogot, sem alkoholt nem fogyasztott, s ezt a zenekarában sem tűrte: számára a zene volt az egyetlen kábítószer.
Feltűnően előnytelen külsejét feledtette csillogó szelleme, rendkívül sokoldalú tehetség volt, látták benne az őspunkot és a tojásfejű intellektuelt is. Könyveket írt, filmeket forgatott, előadásokat tartott, hallatta hangját társadalmi és politikai kérdésekben is.
Riportalanyként szórta a poénokat, alig győzték lejegyezni aranyköpéseit. Egyik örök érvényű mondása szerint a rockújságírás az, amikor írni nem tudó emberek készítenek interjút beszélni nem tudó emberekkel olvasni nem tudó emberek számára.
Zappa Csehországban szinte kultikus rangra tett szert: az ellenzék vezéralakja, a drámaíró és későbbi köztársasági elnök Václav Havel nagy kedvence volt. Magyarországon 1991-ben, halála előtt két évvel lépett fel a Budapesti Búcsún. Ebben az évben jelentette be betegségét, a prosztatarák 1993. december 4-én vitte el, egy héttel korábban jelent meg utolsó lemeze, a Yellow Shark.
Már halála után iktatták be a rock dicsőségcsarnokába, kapott életművéért Grammy-díjat, a nagy tekintélyű Rolling Stone magazin minden idők száz legnagyobb művészét összegző listáján a 71. helyre tette. A tudósok között is szép számmal akadtak rajongói: neveztek el róla kisbolygót, kihalt puhatestűt, újonnan felfedezett halat, baktériumot.
