Tény, hogy a nyíregyházi pályakezdettől gyorsan a politika élvonalába emelkedett, köszönhetően a tudatos, ambiciózus, karrierépítésnek. Az 1994-es MSZP-s választási győzelem után akkori egybehangzó szocialista források szerint nemzetbiztonsági miniszter akart lenni a Horn-kormányban – olvasható egy 2016-os elemző cikkben a 168 Óra portálján. A lap által megkérdezett MSZP-sek úgy emlékeztek vissza, hogy Horn Gyula nem tartotta alkalmasnak a feladatra, mondván, hogy olyannak nem szabad adni ezt a posztot, aki akarja, veszélyesnek érezte a háttérben mindig szervezkedő Baját. Ő azonban határozottan tagadta, hogy ambicionálta volna a nemzetbiztonsági miniszterséget.
Nyírfa-ügy és a zsurki vodkagyár
Végül a parlamenti mandátum mellé megkapta a környezetvédelmi és területfejlesztési miniszteri posztot, amit a ciklus végéig, 1998-ig töltött be.
Az első botrányos ügy 1995-ben került nyilvánosságra, amikor kiderült, hogy az ukrán–román–magyar hármas határ környékén a szervezett bűnözés miatti adatgyűjtési akció során ellenzéki és kormánypárti politikusokat is megfigyeltek.
A Nyírfa-dossziéként is emlegetett történetben bukkant fel a Zefirusz Kft. is, amelynek Baja 1994 áprilisáig felügyelőbizottsági tagja volt, s amely cég rövid idő alatt, kedvező hitelekkel, állami tulajdonú cég megrendelései révén jelentős ingatlanvagyonhoz jutott. Az ügyben azonban nem indult nyomozás.
Sokkal inkább megtépázta Baja hírnevét a zsurki vodkagyár története.
Miniszterként a Zsurkon palackozó üzemet építeni szándékozó Hunalco Rt.-nek nyolcvanmillió forintot ítélt meg, a fejlesztési költségek 16 százalékára pedig vissza nem térítendő támogatást. A cég ebből 55 milliót vett igénybe, ám 1997 áprilisában jelezte: a kötelezettségeket nem tudja teljesíteni, majd kérte a minisztériumot, hogy a támogatás igénybe vett összegét visszafizethesse, s a kamatok alól mentességet kapjon. A minisztérium a részletfizetést engedélyezte, a kamatok elengedését elutasította. A cég ellen 1997-ben nyomozni kezdett a rendőrség, mivel felvetődött a gyanú, hogy kapcsolatban áll a szervezett bűnözéssel, illetve az is, hogy a cég törvénytelen állami támogatásban részesült. Szóba került Baja esetleges büntetőjogi felelősségre vonása is. Bár a nyomozás megszűnt, a szocialista politikus neve összefonódott a zsurki vodkagyár ügyével.
Baja az 1998-as választási vereség után Szabolcs-Szatmár-Bereg megyei elnökként folytatta pályafutását, idejét az MSZP 2000 csoport kötötte le, amely a párt modernizációját tűzte zászlajára.
A vélhetően hatékony szervezőmunkájának köszönhetően 2000-től kampányigazgató lett, Baja embereként jelent meg a 2002-es kampányban Szigetvári Viktor, és egy igazi nagyágyú, kampányguru, az izraeli–amerikai Ron Werber. Bajáról akkoriban azt terjesztették a Köztársaság téren, hogy csak olyan cégeket vesz be a kampányba, amelyek visszaosztanak neki. Ő erre úgy reagált, hogy soha nem költött el egy fillért sem, bárki pályázhatott, a források felett tudatosan nem ő diszponált, csak a kampány politikai részéért felelt.
Kezdetben Németh Miklós miniszterelnök-jelöltségét támogatta, de hamar beállt Medgyessy Péter mögé, akivel megjelent a csapatban Dobrev Klára, és férje, Gyurcsány Ferenc is.
A Medgyessy körüli tanácsadó testületet Gyurcsány vezette, a csapatba tartozott többek között Gál J. Zoltán is. Baja erről az időszakról úgy nyilatkozott korábban, hogy a DK mai elnöke azzal szembesült, hogy nem irányíthatja őt, és innen datálódik a kettejük közötti rossz viszony.
A 2002-ben megalakuló Medgyessy-kormányban nem lett miniszter, de a Miniszterelnöki Hivatal államtitkáraként kiharcolta, hogy beülhetett kormányülésekre. Medgyessy mellett infokommunikációval és civil társadalommal foglalkozott, valamint az uniós csatlakozási kampányt vezette 2003-ban. Előkerült a neve a 2003-ban kirobbant brókerbotrányban is. Kulcsár Attila exbróker ugyanis állította, hogy 2002-ben összehozta az államtitkárt a Synergon Rt. vezérigazgatójával, aki hajlandó volt a megbízási díj tíz százalékának visszafizetésére, ha cége állami megrendelésekhez jut. A sikkasztással gyanúsított Kulcsár azt is vallotta, hogy többször találkozott a politikussal, és 30-40 millió forintot adott át neki. Baja állítólag mindig éjszaka ment el a pénzért. Az MSZP-s politikus mindent tagadott, és végül nem is került a vádlottak padjára, politikai karrierje folytatódott. Sikereit csak Gyurcsány gátolta, aki 2006-ban ki akarta tenni a kormányból. Mellőzése csak átmeneti volt, a Bajnai Gordon vezette fejlesztési tárca mellett létrejövő uniós fejlesztési tanácshoz került, ahol ugyancsak az informatikai fejlesztésekért felelt. Később, 2009-től a Bajnai-kormányban az infokommunikációt felügyelő államtitkár és kormánybiztos lett.
Az őszödi beszéd kiszivárogtatásával is vádolták
Baja Ferenc neve szóba került a 2006-os őszödi beszéd állítólagos kiszivárogtatói között is, de mint később kiderült, a kémsztoriba illő történetnek nincs valóságalapja. Szabó Bálint, a Fiatal Baloldal korábbi Vas megyei elnöke, a Gyurcsány Ferenc vezette DK tagja 2013-ban állt elő a Heti Válasz nevű lapnak azzal, hogy jelen volt, amikor a szocialista párt három akkori vezetője 2006 nyarán Rózsa-Flores Eduardo lakásán járt, akiről a lap szerint régóta pletykálják, hogy 2006 szeptemberében ő juttatta el a Gyurcsány-beszédet tartalmazó felvételt a sajtónak. Szabó Bálint közölte:
hallotta azt is, amikor a szomszéd szobában lejátszották az őszödi beszédről készült hangfelvételt.
Nem nevezte meg a politikusokat, csak keresztneveket mondott: Katalin, Imre és Ferenc. Szili Katalin, Szekeres Imre és Baja Ferenc egyaránt tagadták a vádat és pert is nyertek Szabó Bálint ellen.
Harmincmilliós vesztegetés?
A legújabb fővárosi vesztegetési botrány azonban komolyabbnak tűnik, mint bármelyik korábbi. A Magyar Nemzet birtokába került vallomásrészletekből ugyanis kiderült, hogy a szocialista Baja Ferenc is busásan részesült vesztegetési pénzekből, amelyeket Fuzik Zsolt adott át a SYS IT Services Kft. képviseletében. Baja még 2019 májusában vagy júniusában egy közvetítőn keresztül kereste meg Fuzik Zsoltot. Az MSZP-s politikus szeretett volna megállapodást kötni arra az esetre, ha Karácsony Gergely lesz a főpolgármester és ha a SYS IT megnyeri a BKV Zrt. informatikai rendszereinek üzemeltetésére kiírt közbeszerzést. Baja azt mondta, ebben az esetben majd vele kell egyeztetni az informatikai projektek kapcsán.
Baja Ferenc akkor jelentkezett újra, amikor Karácsony Gergely megnyerte a választást, ekkor harmincmillió forintot kért magának, és vállalta, hogy két évig nem bolygatja meg a SYS IT Services Kft. BKV-s szerződését.
– Baja említette, hogy jóban van a főpolgármesterrel és felhatalmazása van arra, hogy informatikai kérdésekről tárgyaljon. Említette azt is, hogy Kiss Ambrus főpolgármester-helyettes támogatását élvezi, aki fontos személy, mivel arról hozhat döntéseket, hogy milyen projekteket támogassanak és honnan vonjanak el pénzt – fogalmazott Fuzik. Hozzátette: Baja Ferenc egyszer mutatott neki egy papírt, amelyen a főpolgármester aláírása szerepelt, illetve az, hogy informatikai főtanácsadó lett a fővárosnál.
A vallomás szerint a harmincmillió forintnyi vesztegetési pénzt Fuzik adta át Bajának a Várkert Bazárnál található kis parkban.
Borítókép: Baja Ferenc szocialista képviselő felszólal az Országgyűlés plenáris ülésén 2013. május 29-én (Fotó: MTI/Máthé Zoltán)
