A bírák úgy találták, hogy a magyar állam nem tudta megfelelően bizonyítani, hogy ne lett volna kevésbé drasztikus megoldás arra, hogy az állami támogatással visszaélő közösségeket kiszűrje. Emellett a bírák szerint nem összeegyeztethető az állammal szemben támasztott vallási semlegesség követelményével, hogy a vallási közösségeknek a parlamenttől kell kérniük, hogy újra egyházi státuszt kaphassanak, és objektív indok nélkül más megítélés alá esnek az anyagi juttatások tekintetében, mint a bejegyzett egyházak.
Az ítéletről kiadott közlemény tanúsága szerint a bírák úgy ítélték meg, hogy öt panaszos számára megfelelő nem vagyoni jellegű kártérítést jelent az, hogy a bíróság megállapította, hogy a jogaik sérültek, a többi esetben viszont arra a megállapításra jutott, hogy nem áll készen, hogy kártérítést ítélhessen meg, ehhez az ítélet jogerőssé válásától számítva fél éven belül további információkat kér a panaszosoktól. A közlemény ismerteti, hogy a beadványt több vallási közösség, azok lelkészei vagy tagjai adták be, és hogy ezek a közösségek az új törvény hatályba lépéséig államilag elismert egyházak voltak, és állami támogatást kaptak.
A bírák tudatában voltak annak, hogy a jogalkotó célja az állami támogatási rendszerrel visszaélő közösségek kiszűrése volt, ezért csak néhány egyházat részesített a továbbiakban állami támogatásban, a többi közösség egyesület formájában, állami támogatás nélkül folytathatta vallási tevékenységét. A bíróság azt is ismerteti, hogy egy tavalyi törvénymódosítás értelmében ezek az egyesületek is nevezhetik magukat egyháznak, de ahhoz, hogy korábban élvezett pénzbeli juttatásokhoz és adókedvezményeikhez hozzájussanak, továbbra is a parlamenttől kell kérniük, hogy minősítse őket hivatalosan elismert egyházzá. A döntést ismertető kommüniké rámutat, hogy a bírák legitim célként ismerik el a csaló, az állami támogatásokkal visszaélő egyházak elleni fellépést, ám emlékeztet, hogy a vallási felekezeteket nem lehet úgy megkülönböztetni, hogy az megítélésüknek ártson, és rámutat, hogy sok országban az egyházként való állami elismerés a kulcsa a közösségek társadalmi megítélésének, amely nélkül egy vallási csoportra „gyanús szektaként” tekinthetnek.
„Éppen ezért a bíróság nem hunyhatott szemet afölött a kockázat fölött, hogy így valamely vallás követője legfeljebb megtűrtnek, de nem szívesen látottnak érezze magát, ha az állam megtagadja annak az elismerésnek és támogatásnak a megadását, amelyben egyháza korábban részesült, és amely más felekezeteknek továbbra is jár” – írja a strasbourgi bíróság. „A bíróság elismeri a magyar kormány legitim aggodalmait azzal a problémával összefüggésben, hogy Magyarországon korábban nagyszámú egyház volt bejegyezve, amelyek közül néhány visszaélt az állami támogatással, de valódi vallási tevékenységet nem folytatott. Mindazonáltal a kormány nem bizonyította, hogy a vélt problémát ne lehetne kevésbé drasztikus eszközökkel megoldani, például igazságszolgáltatási ellenőrzéssel vagy a bizonyítottan visszaélő egyházak feloszlatásával” – tudatja a bíróság.
Sérelmezik a bírák azt is, hogy a kisegyházaknak a parlamenttől, egy alapvetően politikai testülettől kell kérniük, hogy újra jegyezzék be őket egyházként. A bírák úgy vélték, hogy összebékíthetetlen az állammal szembeni semlegesség elvárásával az a helyzet, amelyben vallási közösségek kedvező szavazatokért „udvarolnak” politikai pártoknak. „A magyar kormány nem szolgáltatott semmilyen indokot, amely igazolná, hogy miért kellett megvizsgálni, hogy már aktív egyházak veszélyesek-e a társadalomra, sem azt nem bizonyította, hogy a panaszos szervezetek valóban veszélyt jelentenének” – állapították meg a bírák. A panaszos vallási közösségek annak megállapítását is kérték, hogy a törvény diszkriminatív, és a jogorvoslathoz való joguk is sérült, ám ezt a bíróság a megállapított jogsértés miatt nem vizsgálta külön.
Az Emberi Jogok Európai Bírósága az Európai Uniótól teljesen független, 47 tagállamot tömörítő Európa Tanács intézményi családjába tartozik, ítéleteit az Emberi Jogok Európai Egyezménye alapján hozza meg. Az egyezmény rögzíti a vallásgyakorlás, a lelkiismeret és a gondolat szabadságát, valamint azt is, hogy békés céllal mindenki szabadon gyülekezhet és szervezhet egyesületeket másokkal. Mindkét szabadság csak olyan mértékben korlátozható, amennyire az a nemzet- vagy közbiztonság, a közrend, a közegészség, az erkölcsök vagy mások jogainak és szabadságának védelme érdekében egy demokratikus társadalomban szükséges. A magyar egyházjogi szabályozás a bírák szerint túlmegy ezen a mértéken, ezért sérti a gyülekezés és egyesülés egyezményben lefektetett szabadságát.
Jogsértés megállapítása esetén a strasbourgi bíróság vagyoni és nem vagyoni kártérítést, úgynevezett igazságos elégtételt ítélhet meg, de ítéleteivel nem semmisítheti meg tagállamok jogszabályait, és önmagában az ítélet nem kötelezi arra a magyar törvényhozást, hogy megváltoztassa a kérdéses törvényt.
