1653 őszétől a gyulafehérvári kollégiumban a bölcsészet tanáraként szolgálta hazája felemelkedését, később pedig a költészettant, földrajzot, természettant és csillagászatot is előadta s tanítványai nagyon megszaporodtak. Mindezt kortársai megirigyelvén, II. Rákóczi György fejedelem (I. Rákóczi György halálát követően 1648 őszétől fia, II. Rákóczi György lett Erdély fejedelme) előtt azzal gyanúsították, hogy a református vallás ellen működik. A Descartes és Kopernikusz filozófiai rendszerein nevelkedett Apáczai erősen támadta az akkori erdélyi iskolaügyi állapotokat, így többek között szembekerült Basirius Izsákkal, a gyulafehérvári kollégium rektor-professzorával is, aki miatt 1655-ben el kellett hagynia Gyulafehérvárt, s Kolozsvárra tétetett át. II. Rákóczi György fejedelem előtt is kegyvesztett lett, és csak Lorántffy Zsuzsanna közbenjárására kapott 1656-ban Kolozsváron, az alsóbbfokú kolozsvári református iskolában igazgatói állást.
Alig költöztek be feleségével első kolozsvári lakásukba, 1657 szeptemberében elveszítették egyik gyermeküket.
Apáczai népszerűségére jellemző volt, hogy gyulafehérvári diákjainak nagy része követte őt Kolozsvárra, ahol nagy lelkesedéssel látott neki a Kollégium újjászervezéséhez. A támadások ellenére mindvégig hű maradt puritán, református presbiteri elveihez. Itt mutatta meg rendkívüli szellemi erejét, úgy is, mint mélységeket járó tudós, úgy is, mint nagyszerű tanító, és úgy is, mint törhetetlen energiájú iskolaszervező. Ezt a teljesen lehanyatlott és szétzüllött iskolát hamarosan felvirágoztatta: a kolozsvári kollégium Apáczai működése alatt akadémiai fokra emelkedett és Erdély legmagasabb iskolájává vált. Még csak a gyulafehérvári kollégium versenyezhetett vele, de az is az 1658-ban bekövetkezett tatár-dúlások következtében elpusztult, úgyhogy az Apáczai-kollégium egyedül szolgálta Erdélyben a magasabb főiskolai tudományos életet. Mivé fejlődött volna ez a kollégium Apáczai keze alatt és milyen magasra emelkedett volna általa a magyar tudományos élet, ha olyan korán ki nem szólítja őt az Úr ebből a háládatlan magyar világból? – tette föl a kérdést hűséges tanítványa, gróf Bethlen Miklós.
Apáczai első volt, aki kitartó lelkesedéssel állt ki a magyar tanítási nyelv, magyar tankönyv, és a jó magyar iskola érdekében. A latinnak, mint a világ valamennyi iskolájában kizárólagosan uralkodó tanítási nyelvnek egyeduralmát ő törte meg: tilalom ellenére magyar nyelven kezdte oktatni tanítványait.
Első volt, ki az iskolaügyben meglátva a nemzeti jövő biztos zálogát, azt kifejezetten államügynek minősítette. Ő tehát az első magyar kultúrpolitikus, ki minden baj eredő forrásának a kultúrátlanságot tekinti. Felismerve az iskoláztatás nemzeterősítő hatalmát, törhetetlenül hitt a magyar nemzeti kultúra államalkotó és államfenntartó erejében. Lángelméjének minden gondolatát, hazaszerető érzéseinek minden lángolását annak a magasztos eszmének állította szolgálatába, hogy nemzetét fejlett kultúrája révén a nyugat-európai népeknek sorába emelje föl. Nemzetét nagynak, műveltnek akarta látni, mert meggyőződéssel hitte és vallotta, hogy politikai önállóságunknak megingathatatlanul erős alapjául kizárólag szellemi önállóságunk és önálló nemzeti kultúránk szolgálhat. Ezért életének emésztően hő vágya volt német, francia vagy holland mintára szervezett valóságos magyar egyetemnek létesítése, de azzal, ama korban egyedülálló igénnyel, hogy a tanítási nyelv nemzeti – magyar – legyen az egész vonalon. E mellett a népoktatásnak nemzeterősítő tudata is mélyen áthatotta lelkét: a fejedelmek kötelességévé jelölte ki a népiskoláknak olyan tömeges felállítását, hogy még a legkisebb faluban se találtassék senki, aki legalább írni-olvasni ne tudna. Gyulafehérvári tanári székfoglalója, De studio sapientiae (1653) az erdélyi kulturális viszonyok kritikája, s egyben útmutató egy magasabb szintű, nemzeti művelődés elérésére.
Nevelési elveivel megelőzte az utána következő harmadfélszázad legkiválóbb nevelő-tudósainak azóta a gyakorlati életbe átment és világszerte elterjedt tételeit. Hangoztatta a nevelve-oktatás elveit, a szemléltetés, a gyakorlati ismeretek, az iskolán kívüli továbbképzés fontosságát, kiemelte a szeretetet, a gyengéd fegyelmezést és a példaadást, mint csalhatatlan nevelőeszközt; óva intett a túlterheléstől, ami „a gyermek eszének az élét eltompítja”, és ajánlotta a koncentrikus tanmenetet, amely megkönnyíti a célra jutást. Súlyt vetett a tanításban való fokozatos haladásra: a közeliről a távolira, az egyszerűről az összetettre, a konkrétról az elvontra való haladást ajánlva. A nyelvtanításban a tanártól sokkal kitartóbb munkát megkívánó direkt-módszerre, a nyelvtan helyett a célnyelvnek tanítására vetette a fősúlyt és sürgette a reáliák tanítását. A beszéd- és értelemgyakorlat tanítását e tantárgynak pontos célkitűzésével ő kezdeményezte, valamint a testgyakorlatot és a testedzést is ő népszerűsítette elsőként, ahogyan az egészségtan tanítását is. Tanítási rendszerében megtaláljuk a tanító- és tanárképzés gondolata mellett azt a ma is alig észrevehető belátást, hogy a tanítás művészet, a tanítósághoz veleszületett rátermettség kell, s a tanító zavartalan önművelése végett gondtalan életet és közbecsülést igényel.
Barcsay Ákos újonnan választott fejedelemnek egy nemzeti akadémia felállítását javasolta (A magyar nemzetben immár elvégtére egy academia felállításának módgya és formája […], 1658). Ezt a tervét sajnos már nem tudta véghezvinni, mert 34 és fél évesen, 1659 szilveszterén tüdőbajban elhunyt. 1660. január 9-én vettek tőle végső búcsút, és a Házsongárdi temetőben utolsó útjára kísérték rajongva szeretett diákjai, tisztelői. Még ugyanebben az évben meghalt felesége, Aletta van der Maet is. Bethlen Miklós gróf szerint Apáczai halála után az Úr „[…] az igen gyámoltalan belga feleségét, [és életben maradt] gyermekét is magához szedte […]”
A család porsátora ott pihen a kolozsvári Házsongárdi temetőkertben. Külső képmásukat nem ismerjük, arcuk, tekintetük oda lett a múló idővel. Azonban Apáczai magyar tudományosságért és kultúráért égő lelke, nyughatatlan szelleme annál elevenebben él emlékezetünkben, ma is lángolásra késztet páratlan nemzeti lelkünk megtartásának és gazdagításának szent szolgálatában.
Hogy szülőfalujában mennyire él a nagy tudós, pedagógus emléke, azt egy mondává szentesült néphagyomány bizonyítja, melyet egy akkor 78 éves, Oláh István nevű bácsitól jegyzett le Árkosi K. Zoltán 1959-ben:
„Sok-sok évvel ezelőtt, amikor még nem volt autó, háromszéki széköl diákok szálltak meg Nagyajtán. Kolozsvár felé tartottak, s itt választottak éjjeli pihenőt maguknak. A vacsora után énekelni kezdtek, viccelődtek. Egyszer csak azt veszik észre, hogy az ablak előtt egy kisfiú áll, hallgatózik és belé-belé énekel az ők énekjükbe. Igen-igen szép hangja volt. Kimentek és behívták. A gyermek elmondta, hogy ő Apácáról való árva. Besötétedett és nem mer átalmenni a Csikoson és az Olt hidon. A széköl diákoknak megtetszett a gyermekecske, s csalták, hogy ha akar, menjen velük iskolába. Ők elviszik keresztül a Ríkán, s osztán csak lesz valahogy. A gyermek örömest ment.
A nevem Csere János – mondta –, s beállott diáknak a többiek közi. Ezek vitték osztán fel Kolozsvárra. Nem is látta meg többet Apáca tornyát.”
Tettekké váltotta föl az ifjúságnak adott tanácsait: „Állj inkább, mint ülj!; fuss, mint menj!”, valamint: „Valahol a földön nehéz dolgot hallasz, ott teremj!” Ő valóban ott volt mindenütt, hol kemény munka várt rá és ahol hazájának szolgálhatott.
Élete és munkássága a garancia számunkra, hogyha van bennünk lélek, akkor teljesen kifosztottan, szétdaraboltan, megalázottan és koldusszegénységben is mindig és mindig újra tudjuk teremteni a magyar nemzeti kultúra templomát!
„Ha jött a harcok lázadó sötétje,
fénnyel dalolt a név, hogy féltve védje.
S a dallamot karral kísérve halkan,
napsugaras nyugat dalolt a dalban,
hol a sötétség tengerárja ellen
ragyogó gátat épített a szellem.
Aletta van der Maet nevét susogta,
mikor a béke bús szemét befogta.
S mikor a hálátlan világ temette,
Aletta búja jajgatott felette,
míg dörgő fenséggel búgott le rája
a kálvinista templom orgonája.
Aztán a dal, visszhangját vesztve, félve,
belenémult a hervadásba, télbe.
Gyámoltalan nő – szól a régi fáma –
urát keresve, sírba ment utána…
A fényben, fenn a házsongárdi csendben
tovább dalolt a név zenéje bennem.
S nagyon szeretném, hogyha volna könnyem,
egyetlen könny, hogy azt a dallamot
Aletta van der Maet-nak megköszönjem.”
A szerző: Raffay Andrea, a Magyarságkutató Intézet Történeti Kutatóközpontjának ügyvivő szakértője