1. Vizit- és kórházi napidíj: 300 forintos díjat vezettek be, amelyet minden orvos-beteg találkozásnál, és minden kórházban eltöltött nap után fizetni kell, kivétel a mentességet élvezőknek. Az eredeti tervek szerint az indokolatlan orvoshoz fordulást akarták csökkenteni így. A forgalom csökkent is, kérdés persze, valóban azok maradtak-e otthon, akiknek amúgy sem lett volna szükségük ellátásra. A rohamtempóban meghozott döntések után azonnal jelentkeztek a gondok. Például gyakran kértek el pénzt a betegektől akkor is, ha nem kellett volna fizetniük, nehezen tudták ugyanis eldönteni, ki élvez mentességet. Botrány volt, amikor a sérült tűzoltóktól elkérték a vizitdíjat, és az ombudsman is kritizált, elsősorban azért, mert a 20. alkalom után befizetett vizitdíjat a jegyzőknél lehet visszaigényelni, és a bemutatott nyugták alapján könynyen kikövetkeztethető, kinek milyen jellegű betegsége van.
2. Kórház-átalakítás: talán a legnagyobb vihart kavart intézkedése Molnár Lajosnak. Jelentősen csökkentették az aktív ágyak számát és némiképp növelték az ápolásra, rehabilitációra szolgálókét. Számos helyen osztályokat szüntettek meg, máshol az egész intézményt bezárásra ítélték, s akadt olyan kórház, amely aktív ellátás helyett már csak ápolást, rehabilitációt végezhet. Hatalmas viták, tüntetések és szakmai tiltakozások közepette verték keresztül a döntést, amelyet jelentős mértékben befolyásoltak a párton belül alkuk. Sokan állítják: megszüntettek jól működő osztályokat, míg máshol újakat létesítettek, noha ahhoz sem a tárgyi, sem a szakmai feltételek nem voltak adottak. Eközben megtartottak 30-40 aktív ággyal működő kórházakat, amelyek fönntarthatatlanok lesznek – vetítették előre. Vihart kavart egy mindszenti férfi halála, akit elsőként a krónikus ellátóhellyé alakult hódmezővásárhelyi kórházba szállítottak, ahonnan úton Szentesre a férfi a mentőautóban meghalt. Botrányt okozott az is, ahogy meghatározták a kórházak területi ellátási kötelezettségét.
3. Gyógyszer-gazdaságossági törvény: jelentős befizetésre kötelezték a gyógyszerpiac szereplőit, a patikusokat, a nagykereskedőket és a gyártókat. Új szabályokat vezettek be azért, hogy az állandóan dinamikus tempóban növekvő gyógyszerkiadásokból minél nagyobb szeletet vállaljanak a piaci szereplők. Itt is gondok vannak azonban: a gyártóknak most kellene teljesíteniük első adójellegű befizetésüket, de ezt valószínűleg el kell halasztani. Többek között azért, mert a külföldi cégek nem adózhatnak Magyarországon. Jelentős változások voltak Molnár idején a gyógyszerek lakossági térítési díjában is. Először drasztikus mértékben, körülbelül 50 százalékkal emelték a betegek költségeit a tb-támogatás mértékének megnyirbálásával. Később a gyártók árcsökkentése révén mintegy 1000 termék vált olcsóbbá.
4. Patikaliberalizáció: lehetővé tették, hogy bizonyos vény nélkül kapható gyógyszereket patikán kívül is lehessen árusítani. Noha egyre több helyről kérnek ehhez engedélyt az ÁNTSZ-től, egyelőre még nem állítható, hogy általánossá vált volna a patikán kívüli gyógyszerárusítás. Az egyeduralkodó pozíciójukat elvesztett patikusok mindent megpróbáltak a liberalizáció megakadályozása érdekében. Főként azzal érveltek, hogy a változás következtében megnő a hamis készítmények piacra jutásának esélye, illetve az esetleges mérgezések lehetősége, hiszen az elárusítóhelyeken nem lesz képzett gyógyszerész, aki segítséget nyújtana a vásárlóknak.
5. Biztosítási felügyelet: az új szervezet a tervek szerint főként a biztosítotti jogok érvényesülését felügyeli, védi az egészségügyi ellátást igénybe vevőket, ellenőrzi a várólistákat és a szolgáltatók működését.

Magyar cigánydelegáció is felkereste Ferenc pápa sírját