Egy bíró munkájával kapcsolatban az egyik legsúlyosabb kritika, ha megkérdőjeleződik pártatlansága, függetlensége, elfogulatlansága és előítélet-mentessége. Varga Bélával, a Fővárosi Bíróság katonai tanácsának bírájával éppen ez történt évekkel ezelőtt, amikor egy politikai vonatkozású büntetőeljárásban járt el. Varga Béla lelepleződött, kiderült, hogy kivételezett eljárásban részesítette a Medgyessy-kormány állami vezetőit, és ezzel alkotmányos elveket sértett meg. Az általa vezetett bírói tanács tárgyalta a maffiaellenes központ volt vezetője ellen 2004 februárjában indult büntetőpert. Bácskai János dandártábornokot a K&H-botrány főszereplőjével, Kulcsár Attilával való kapcsolata miatt vádolták meg hivatalos személy által elkövetett bűnpártolással, 2008-ban felfüggesztett szabadságvesztéssel és lefokozással büntették. Az akkori eljárásban tanúként hallgatták ki a Medgyessy-kormány kancelláriaminiszterét, Kiss Pétert, valamint Tóth András volt nemzetbiztonsági államtitkárt és a polgári elhárítás akkori vezetőjét, néhai Zsohár István vezérőrnagyot. Amikor azonban a magas rangú személyiségek megérkeztek a bíróság épületébe, Varga Béla a katonai tanács elnökeként megszakította a tárgyalást, és esetenként 25-30 percre hivatali szobájában különbeszélgetésre fogadta a tanúkat. A történtek miatt Bácskai védője, Ilcsik Sándor kifogást emelt, mert szerinte – miként későbbi beadványából kiderült – a beszélgetések „súlyosan sértették a büntetőeljárás szellemét, annak pártatlanságába és elfogulatlanságába vetett bizalmat”. Ilcsik megjegyezte azt is, hogy Tóth András kihallgatása soron kívül történt, a védelemnek ezért nem volt módja felkészülni a tanú kihallgatására, és ez védői jogokat sértett.
A másodfokon eljáró Fővárosi Ítélőtábla katonai tanácsa a Varga Béla vezette tanács ítélkezési gyakorlatát „felülbírálatra alkalmatlannak” tartotta az eljárási hibák, az ítélet megalapozatlansága, a tényállás felderítetlensége és az indokolási kötelezettség részbeni elmulasztása miatt. Az ítélőtábla ezek miatt hatályon kívül helyezte az elsőfokú ítéletet és új eljárás lefolytatására utasított, amelyet azonban már a Csongrád Megyei Bíróság katonai tanácsának kellett lefolytatnia.
A végzés indokolásában a védelem fenti kifogásaival kapcsolatban az ítélőtábla rámutatott arra, hogy a Magyar Köztársaság alkotmánya szerint a bíróság előtt mindenki egyenlő, és mindenkinek joga van a független és pártatlan bíróság tisztességes eljárásához. A bírák jogállásáról szóló törvényt is idézték, hogy a bíró köteles minden olyan megnyilvánulástól tartózkodni, amely csorbíthatja a bírósági eljárásba vetett bizalmat és a bíróság tekintélyét. Hivatkoztak még egy alkotmánybírósági határozatra is, amely szerint a pártatlan bírósághoz való alapjog az eljárás alá vont személy iránti előítélet-mentesség és elfogulatlanság követelményét támasztja a bírósággal szemben. – Ez egyrészt magával a bíróval, a bíró magatartásával, hozzáállásával szembeni elvárás, másrészt az eljárás szabályozásával kapcsolatos objektív követelmény: el kell kerülni minden olyan helyzetet, amely jogos kétséget kelt a bíró pártatlansága tekintetében – olvasható az ítélőtábla végzésében, amely leszögezi, a „védőnek az első fokon eljáró tanács elnökének az egyes tanúkkal kapcsolatos magatartását kifogásoló felvetése jogos és alapos”.
Varga Béla volt az a bíró is, aki a napokban a kémbotrányban érintett titkosszolgálati vezetőkkel szembeni kényszerintézkedésekről döntött. A Nemzetbiztonsági Hivatal volt főigazgatóját, Galambos Lajost házi őrizetbe helyezte. Utódja, Laborc Sándor és a területet miniszterként felügyelő MSZP-s Szilvásy György vonatkozásában azonban az ügyészségi indítvánnyal szemben nem jogerősen úgy döntött: szabadlábon védekezhetnek.
Magyar Péter brüsszeli mentelmi joga mögé menekül, hogy ne kelljen lopásért felelnie