A negyedszázada elkövetett merénylet II. János Pál értelmezése szerint „a XX. században elszabadult erőszakos ideológiák utolsó rángatózásainak egyike volt”. Kitervelésének részleteit mindmáig nem sikerült teljesen felderíteni, ám az – ahogyan a pápa Emlékezet és azonosság című könyvében fogalmazott – nem Agca saját kezdeményezésére történt, hanem „valaki más rendelte meg tőle”. Valóban, az utóbbi évek vizsgálatai egyre egyértelműbben utalnak a szovjet titkosszolgálat irányába, amelynek munkáját több szocialista ország is tevékenyen segítette.
Vajon a pápa ismerte az igazságot? Talán Ali Agca elárulta neki, amikor felkereste őt 1983 karácsonyán a börtönben? II. János Pál elmondása szerint merénylőjét szinte csak az érdekelte, miért nem sikerült a szakszerűen előkészített merénylet, és mindenáron meg akarta ismerni a harmadik fatimai titkot. A merénylet napja, május 13. ugyanis a portugáliai Fatima mellett 1917-ben történt Mária-jelenések évfordulója volt. Ezek során a Szűzanya Lúcia dos Santosra és másik két pásztorgyermekre három titkot bízott, amelyet később írásba foglaltak. Az egyik a pokol látomása volt, a második Mária Szeplőtelen Szívének tiszteletére vonatkozott, és megjósolta a II. világháború kitörését, amelyet – a jelenésben foglaltak értelmében – csak az akadályozhatott volna meg, ha Oroszországot felajánlják Máriának. Azt is tartalmazza a jóslat, hogy a pápa végül felajánlja Oroszországot Máriának, „mely meg fog térni, és a világ egy békés korszakot kap ajándékul”. A harmadik titok – amelyet aztán a legtöbb találgatás övezett – a szentatyára vonatkozott: „láttunk egy fehérbe öltözött püspököt – írta Lúcia nővér –, akiről az az előérzetünk volt, hogy ő a szentatya”. A fehér ruhás püspök botladozó léptekkel ment fel egy hegy tetejére, ahol „térdre borult a nagy kereszt lábánál, és egy csoport katona lőfegyverekkel és nyíllal tüzelve rá megölte őt”. A harmadik titkot Lúcia nővér 1957-ben egy zárt borítékban továbbította a Vatikánba azzal, hogy legkorábban 1960-ban nyitható fel. II. János Pál a merénylet után olvasta el a szöveget, és magára ismert a „fehérbe öltözött püspök” alakjában.
Az orvosok szerint a lövedék teljesen természetellenes módon haladt a pápa testében, szinte „tudatosan” kikerülve az életfontosságú szerveket. Ahogyan II. János Pál fogalmazott, „mintha valaki vezette és eltérítette volna azt a lövedéket”. Ez a valaki a pápa szerint a Fatimában is megjelenő Szűz Mária volt, ezért a merénylet évfordulóján elzarándokolt a portugáliai kegyhelyre, és az életét majdnem kioltó lövedéket belefoglaltatta a Mária-szobor koronájába. Végül 1984-ben a jelenésekben foglaltaknak megfelelően a világ püspökeivel együtt felajánlotta a világot Mária Szeplőtelen Szívének.
A Joseph Ratzinger bíboros teológiai kommentárjával ellátott harmadik fatimai titkot a pápa utasítására 2000-ben hozták nyilvánosságra. Értelmezésével kapcsolatban Angelo Sodano bíboros államtitkár úgy fogalmazott, hogy az „elsősorban az ateista rendszerek harcáról szól az egyház és a keresztények ellen, s megmutatta a második évezred utolsó százada tanúságtevő híveinek mérhetetlen szenvedését”. Méltatói mindig megemlítik II. János Pál szerepét a kommunizmus bukásában. Ismeretes, hogy lengyelországi látogatásai nagyban hozzájárultak a Szolidaritás mozgalom kialakulásához és megerősödéséhez. Ő maga erről a szerepéről soha nem beszélt nyíltan. Már említett könyvében viszont azt írja, a merénylet is tudatosította benne, hogy „mindabban, amit mondok és teszek hivatásom és küldetésem, szolgálatom teljesítése során, valami olyan történik, ami nem kizárólag az én kezdeményezésem”. A hívők számára így kapcsolható össze Fatima titka, a pápa elleni merénylet és a kommunizmus bukása.

Brüsszel vs. Magyarország: már több mint 40 ezren követelik Magyar Péterék távozását