Japánban 1993. szeptemberében dobta piacra a Suzuki a kei-kategória szabályainak megfelelően felépített Wagon R nevű mini egyterűjét, a névben szereplő R betűvel a a Revolution (forradalom) és Relaxation (pihenés) szavakra utalnak. A testvérmodell Alto minihez képest arasznyival, 25,5 centivel magasabb a karosszéria, ami egészen 1996 augusztusáig négyajtós volt (a vezetőoldalon csak egy oldalajtót használtak), ekkor dobták piacra a szimmetrikus, ötajtós felépítményt. 1997-ben jött a harmadik karosszériaváltozat, a Wagon R+ esetén széltében 15 centivel növelték meg a karosszériát, és rögtön négyhengeres motorokat – 1,0 vagy 1,2 liter – is kapott. A bővítés oka, hogy ezt már exportálták is. Nem várt siker volt az első Suzuki Wagon R, ami jobb hónapokban még a Corollát megelőzve Japán legkelendőbb autója volt.
A második generációnál kezdettől fogva három karosszériát (négyajtós, ötajtós és kiszélesített ötajtós) kínáltak, ebből Esztergomban is összeraktak 187 000 példányt, illetve Lengyelországban is készült az autó, az átmárkázott Opel Agila testvéreként. A típus 10 éves születésnapján, 2003 szeptemberében dobták piacra a harmadik generációt, amelynél már csak ötajtós karosszériát kínáltak, cserébe megjelent a saját orral és belső kialakítással rendelkező Stingray változat. A negyedik generációnál annyira megnövelték a hátsó oldalajtók méretét, hogy már nem jutott hely ablaknak a C oszlopon, a 2012-ben bemutatott ötödik generáció újítása az opciós lágyhibrid (Ene-Charge) hajtás és a fapados FA változat volt.
A 2017-ben érkező hatodik generációnál továbbfejlesztették a lágyhibrid hajtást (13 km/órás tempó alatt 10 másodpercig tud elektromosan haladni a Wagon R), a kézi kapcsolású váltó már csak az FA fapados modellnél elérhető. 2021 augusztusában dobták piacra a teljesen eltérő, hátul tolóajtókkal rendelkező Wagon R Smile modellt, ami kényszerűségből kapta ezt a nevet: a Honda a nyolcvanas években egy robogónál már használta a Smile nevet, így a Suzuki azt nem használhatta önmagában típusnévként, hozzá kellett csatolni a meglévő Wagon R-hez.
