Özvegye, Zita nyolc gyermekével hosszas hányattatás után a spanyolországi Lequeitióban telepedett le.
Ottónak – akit anyja trónörökösnek nevelt – magyar tanítói is voltak, így nemcsak a nyelvet, de a kultúrát is megismerte.
A család 1929-ben Belgiumba költözött. Ottó a leuveni katolikus egyetemen állam- és társadalomtudományokat hallgatott, és 1935-ben kitüntetéssel doktorált. A nácizmust nyíltan ellenezte, tiltakozott az Anschluss (Ausztria a náci Harmadik Birodalomhoz csatolása) ellen, több ezer zsidónak segített elmenekülni Európából. A II. világháború idején az Egyesült Államokban is élt. 1951-ben Franciaországban kötött házasságot Regina szász-meiningeni hercegnővel. A házaspár Németországban, a bajorországi Pöckingben telepedett le. Öt lányuk és két fiuk született. Ottó 1978-ban német állampolgárságot kapott.
A politika mindent felülírt
1961-ben mondott le osztrák trónigényéről, és vállalta, hogy nem folytat Ausztriában politikai tevékenységet.
Ezt hosszú közjogi vita követte, így a Habsburg-Lotaringiai-dinasztia feje csak 1966-ban utazhatott ismét szülőhazájába. Magyarországon először magánemberként járt 1987-ben és 1988-ban, majd a következő évben mint európai parlamenti képviselő tett hivatalos látogatást. A rendszerváltás után, 1990-ben magyar, majd horvát állampolgárságot is kapott.
Habsburg Ottó kifogástalan européer volt. Lelkes szószólója az egységes Európa gondolatának, támogatta a közép-európai államok európai integrációs törekvéseit, sokat tett az Európai Unióhoz való csatlakozásukért.
Azt az európai eszményt képviselte, amely az európai nemzetek sokféleségén és a keresztény civilizációs értékeken alapul. 1973-tól 31 éven keresztül volt elnöke a Páneurópai Uniónak, majd a szervezet tiszteletbeli elnöke lett. A bajor Keresztényszociális Unió (CSU) képviselőjeként 1979-től húsz éven át volt tagja az Európai Parlamentnek. 1989-ben a testület magyar ügyekkel foglalkozó delegációjának elnöke lett. 1989-ben egyik szervezője és védnöke volt a magyar–osztrák határon rendezett páneurópai pikniknek, amelyen az ez alkalomból kis időre megnyitott határszakaszon hétszáz keletnémet menekült jutott át Ausztriába.
