A 63 éves szakember harmadszor vállalta el ezt a szerepkört a talán leghíresebb argentin futballklubnál, ahol a legsikeresebb trénerként tartják számon. Bianchi 1998 és 2004 között – két „turnusban” – négyszer vezette bajnoki címig a Buenos Aires-i együttest, amellyel három alkalommal diadalmaskodott a földrész első számú klubsorozatában, a Libertadores Kupában, s két ízben nyert Interkontinentális Kupát (új keletű nevén klubvilágkupát).
Elődje Julio César Falcioni volt, akinek nem újították meg a szerződését. Az argentin média szerint Bianchi három idényre szóló megállapodást kötött a Boca Juniors vezetőivel.
