A merényletben tíz bomba robbant fel, megölt 191 utast, és összesen 1824 személy sérült meg. Az ügyészség 38 656 év büntetést kért az elfogott elkövetőkre és tettestársakra. Ma elsőnek az értelmi szerző Rabel Oszman Szabed Ahmedet, vagyis az „Egyiptomi Mohamedet” hallgatták meg, aki egyetlen kérdésre sem válaszolt, és tagadta az ellene felhozott vádakat. A bíróság előtt összesen 650 tanú jelenik meg, a kormány eddig több mint 76 milliárd euró kártérítést fizetett ki az életben maradt áldozatoknak és hozzátartozóiknak. 2004. április harmadikán felrobbantotta magát a madridi robbantások hét muzulmán merénylője, több merénylőt és szervezőt még most is keresnek.
A merénylet után három nappal később tartott általános választásokon súlyos vereséget szenvedett a néppárti kormány. A leváltott José María Aznar néppárti kormányfő a merénylet előtt csak az ETA-ra összpontosított, és utána is nyolc hónapig egyedül a baszk terrorszervezetet tette felelőssé a merényletért. 2004. novemberében a parlamenti vizsgálóbizottság előtti meghallgatásán azonban már kijelentette, hogy az al-Kaida és az ETA együtt követte el a robbantásokat. A szintén meghallgatott és az Aznar helyére kerülő szocialista José Luís Rodríguez Zapatero viszont csak az al-Kaida szerepét hangsúlyozta. A merényletet vizsgáló parlamenti bizottság csak 2004 júliusában alakult meg, és egyéves működését végig heves viták kísérték. A Néppárt, valamint a baloldal és a kisebb nacionalista pártok között ettől fogva mélyültek el az egyre súlyosabb ellentétek. A merénylet előjelei közé tartozott, hogy Spanyolország határozottan támogatta Bush amerikai elnök iraki háborúját, amelyben csak kisegítő csapatokkal és tevékenységekkel vett részt, de harci műveletekben nem. Zapatero még a választás estéjén bejelentette, hogy kivonja csapatait Irakból.

Eltűnt pásztói nőt keres a rendőrség