Lassan indult, drámával végződött a Japán Nagydíj. Katasztrofális időjárásra ébredtek a pilóták Fujiban, a pályán összegyűlt hatalmas mennyiségű víz miatt a szabályos rajtot nem merte bevállalni a versenybíróság. A mezőny így a safety car mögül indult, s volt rá némi esély, hogy lemegy az egész verseny a biztonsági autó mögött. 18 kör után engedték csak el a mezőnyt, a legjobb pozícióból indult Lewis Hamilton szépen meg is őrizte első helyét Fernando Alonsóval szemben. Már a verseny elején elszállni látszottak a Ferrarik, Felipe Massa és Kimi Raikkönen is intermediate gumival állt ugyanis fel a rajtrácsra, a köztes abroncsokkal azonban nem tudták pályán tartani autóikat, a kerékcsere miatt pedig visszazuhantak a sor legvégére.
Alonso a 27., Hamilton a 28. körben tudta le első és egyben utolsó kerékcseréjét, mindkét McLarent feltöltötték üzemanyaggal a verseny legvégéig. A vezetést előbb Sebastian Vettel vette át a Toro Rossóval, majd Mark Webber állt az élre, ez lehetett volna a Red Bull nagy napja. Aztán nem lett, de előbb kiderült, hogy a McLaren nem hozott túl jó döntést, Alonso és Hamilton is küzdött nehéz autójával a vizes pályán, a spanyol egyszer kicsúszott, aztán Hamiltont pofozta ki a pályáról Kubica (mindketten tudták folytatni, a lengyelt később meg is büntették), végül Alonsót pöckölte ki a bukótérbe Vettel a célegyenes végén. Hamilton annyira lelassult, hogy Webber kerékcseréje után kis híján visszatért az első helyre.
Közben hátulról folyamatosan zárkóztak fel a Ferrarik, a 41. körben pedig jött a dráma: a negyedik helyen nagyon iparkodó Alonso senkitől sem zavartatva hatalmas balesetet szenvedett, a spanyol megcsúszott, a falnak csapta autóját, mely pörögve-forogva, füstölve állt meg. Beküldték újra a safety cart, a 45. körben jött az újabb dráma: a harmadik helyen álló, élete legnagyobb eredménye felé haladó, 20 éves Vettel hátulról beleszállt a második Webberbe, mindkettejüknek fel kellett adnia a versenyt. Webber elhajította a kormányt, Vettel elpityeregte magát a boxban, nem így kellett volna véget érnie.
