A törvényjavaslat szerint a felsőoktatási intézmények önállók, önállóságuk elsődlegesen az oktatási, tudományos, kutatási tevékenységre terjed ki. Az intézmény belső szervezete és működése – gazdálkodása az államháztartásról szóló, illetve a vagyongazdálkodási törvénnyel összhangban – e törvény keretei között alakítható – olvasható a 111 oldalas, kerettörvényként aposztrofált tervezetben.
A javaslat értelmében a felsőoktatás rendszerének működtetése az állam feladata, az egyes intézmények működtetése pedig az adott fenntartó feladata. Az indítvány az állami, egyházi és magán felsőoktatási intézményeket rögzíti a jelenlegi struktúra alapján.
Új elemként jelenik meg, hogy – a kormány engedélyével – költségvetési szervként működő felsőoktatási intézmény a nem költségvetési szerv formájában működő felsőoktatási intézménnyel is egyesülhet vagy beolvadhat. A kormány nemzetstratégiai célok megvalósítása érdekében kormányrendeletben meghatározottak szerint állami fenntartású felsőoktatási intézményeket kiemelt felsőoktatási intézményeknek minősíthet. Az egyetem, a főiskola, a kutatóegyetem képzési szerkezetére vonatkozó feltételeket 2013. szeptember 1-jétől kezdődően kell majd alkalmazni.
A felsőoktatási intézmények kizárólagosan jogosultak a felsőfokú végzettséget és szakképzettséget biztosító képzések folytatására. Ennek egymásra épülő képzési ciklusai az alapképzés, a mesterképzés és a doktori képzés.
Új elnevezésként jelenik meg a felsőoktatási szakképzés, amely felsőfokú végzettségi szintet nem ad, de kreditjei az alapképzésbe történő jelentkezéskor beszámíthatók. A javaslat új elemként tartalmazza a mesterképzésre épülő újabb mesterfokozatot is.
Osztatlan tanárképzés
A tanárképzés új elemként osztatlanná válik, és a köznevelési intézményrendszerhez igazodva bevezetnék az általános iskolai (4+1 év) és a középiskolai (5+1 év képzéssel) tanári szakképzettséget. A kormány felhatalmazást kap arra, hogy a magyar állami (rész)ösztöndíj mellett pályázati eljárásban odaítélt pedagógus ösztöndíjjal támogassa a tanárképzésben résztvevőket. A felvétel feltételeként előírnák az alkalmassági vizsgát.