A nagygyűlésre a CEC delegáltjait meghívó MEÖT 1943-ban alakult, jelenleg 11 tagegyház, valamint további 22 egyház és egyházakhoz kötődő szervezet együttműködése képezi a közös munka alapját. Tagja egyebek mellett a magyarországi református és evangélikus egyház, s a szervezet együttműködik a Magyar Katolikus Egyházzal is.
A MEÖT együttműködési fórumot kínál a magyarországi egyházaknak és egyházi szervezeteknek, és legfontosabb feladatának az egyházak közötti együttmunkálkodás erősítését tekinti. A tanács szervezi egyebek mellett minden évben az ökumenikus imahetet, az ortodox keresztény egyházi napokat, valamint az októberi országos protestáns napokat.
A Magyarországi Egyházak Ökumenikus Tanácsa a genfi székhelyű Egyházak Világtanácsának magyarországi nemzeti szervezete, és társult tagja a CEC-nek, amelyen keresztül részt vesz az Európai Unió és az Európa Tanács mellett működő egyházi képviselet munkájában.
