Nemcsak versenyzőként alkotott maradandót, de elméleti vonatkozásban is: kidolgozta az úgynevezett intenzív intervallumos (iramváltásos) futóedzés elméletét, amely napjainkban is a futók felkészülésének alapját képezi.
Emlékére operát írtak
Zátopek hazájában nemzeti hősnek számított, ezredesként dolgozott a honvédelmi minisztériumban. A fáma szerint ő járta ki 1957-ben, a hidegháború tetőpontján Antonín Zápotocky csehszlovák államfőnél, hogy az olimpiai aranyérmes csehszlovák diszkoszvető, Olga Fikotová feleségül mehessen amerikai választottjához, az ugyancsak olimpiai aranyérmes kalapácsvető Harold Connollyhoz.
Zátopek a kommunista párt demokratikus szárnyához tartozott, tiltakozott a prágai tavasz eltiprása ellen, így 1968 után kizárták a pártból és a hadseregből, s uránbányába, majd szeméttelepre küldték dolgozni. A rendszerváltás után 1990-ben rehabilitálták, majd 1998-ban életművéért Fehér Oroszlán Érdemrenddel tüntették ki.
A legendás futó hosszas betegeskedés után 78 éves korában, 2000. november 22-én hunyt el Prágában. Halála után a Nemzetközi Atlétikai Szövetség (IAAF) Arany Érdeméremmel tüntette ki, Csehországban az évszázad sportolójává választották, s posztumusz Pierre de Coubertin-érmet kapott. Születésének nyolcvanadik évfordulóján a cseh posta bélyeggel emlékezett meg a futólegendáról, a NOB lausanne-i központjában lévő Olimpiai Múzeum kertjében és Prágában is szobrot állítottak tiszteletére. Idén júniusban 12 perces, Zátopekről szóló minioperát mutattak be Liverpoolban.
