A szombati (japán idő szerint délutáni, európai idő szerint viszont reggeli) időmérőn a német vb-címvédő mögött csapattársa, az ausztrál Mark Webber lett a második, a brit Jenson Button (McLaren) pedig a harmadik. A pontversenyben éllovas, kétszeres világbajnok spanyol Fernando Alonso (Ferrari) a hetedik időt érte el a kvalifikáción.
A hétszeres világbajnok német Michael Schumacher (Mercedes), aki az idény végén visszavonul, kilencedik lett.
Szuzukában utólag megbüntették, és három rajthellyel hátrébb sorolták a francia Jean-Eric Vergne-t is, mivel az időmérő közben az egyik kanyarban szabálytalanul akadályozta a brazil Bruno Sennát. Így Vergne a 19., Senna pedig – eggyel előbbre rukkolva – a 16. pozícióból vághat neki a vasárnapi GP-futamnak.
A módosított rajtsorrend:
1. sor: Sebastian Vettel (német, Red Bull), Mark Webber (ausztrál, Red Bull)
2. sor: Kobajasi Kamui (japán, Sauber), Romain Grosjean (francia, Lotus)
3. sor: Sergio Perez (mexikói, Sauber), Fernando Alonso (spanyol, Ferrari)
4. sor: Kimi Räikkönen (finn, Lotus), Jenson Button (brit, McLaren)
5. sor: Lewis Hamilton (brit, McLaren), Felipe Massa (brazil, Ferrari)
6. sor: Paul di Resta (brit, Force India), Pastor Maldonado (venezuelai, Williams)
7. sor: Nico Rosberg (német, Mercedes), Daniel Ricciardo (ausztrál, Toro Rosso)
8. sor: Nico Hülkenberg (német, Force India), Bruno Senna (brazil, Williams)
9. sor: Heikki Kovalainen (finn, Caterham), Timo Glock (német, Marussia)
10. sor: Jean-Eric Vergne (francia, Toro Rosso), Pedro de la Rosa (spanyol, HRT)
11. sor: Charles Pic (francia, Marussia), Vitalij Petrov (orosz, Caterham)
12. sor: Michael Schumacher (német, Mercedes), Narain Karthikeyan (indiai, HRT)
