1998-ban sikertelenül indult az országgyűlési választáson. Az Orbán-kormány időszaka alatt a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériumának egyházi ügyekben illetékes helyettes államtitkára volt.
A 2002-es országgyűlési választáson a Fidesz és az MDF közös országos listájáról szerzett újra mandátumot, immár a Fidesz frakciójához csatlakozva. 2002-ben az újjáalakult KDNP elnökhelyettesévé nevezték ki, majd Varga László halála után a KDNP elnöke lett, 2003. december 6-án megerősítették pártelnöki posztján. Programja szerint a KDNP olyan önálló párt marad a Fidesz vezette szövetségben, amely tételesen vállalja a keresztény egyházak társadalmi tanait.
A 2006. évi országgyűlési választáson az eredeti jelölt visszavonása miatt elindították Bács-Kiskun megye 7. választókerületében (Kalocsa központtal), ahol egyéni mandátumot szerzett. Az új Országgyűlés megalakulásakor a KDNP frakcióvezetője, illetve a Magyar Szolidaritás Szövetség társelnöke lett Orbán Viktor mellett.
2010-ben megvédte egyéni mandátumát. Az Országgyűlésben az emberi jogi, kisebbségi, civil- és vallásügyi bizottság tagja, 2002 és 2006 között alelnöke is volt. Kormányzati szerepe miatt az új parlamentben egyetlen bizottságban sem szerepel.
1996-ban címzetes egyetemi docensi kinevezést kapott, vizsgáztat. 1999-ben a Pápai Tiberina Akadémia rendes tagja lett. Pro Ecclesia Hungariae és Pro Caritate díjas. 2010-től a Országos Magyar Vadászati Védegylet elnöke. Giesswein Sándor-díjat kapott 2010-ben.
Semjén Zsolt kezdeményezésére, 2011. június 29-én avatták fel Budapest belvárosában, a Szabadság téren Ronald Reagan amerikai elnök szobrát. A Ronald Reagan Elnöki Alapítvány Ronald Reagan Nemzetközi Szabadság-díjjal tüntette ki.
