A munkacsoport tevékenységének célja a határellenőrzéssel és határátkelőhely-fejlesztéssel kapcsolatos megfelelő tárcaközi koordináció elősegítése. A testület javaslatot tesz a határátkelőhelyek, határátlépési pontok létesítésére, megnyitására, továbbá figyelemmel kíséri – különös tekintettel az Európai Unió követelményeire – az egységes határ-ellenőrzési rendszer létrehozását célzó kormányzati intézkedések megvalósulását. Nyomon követi azt is, hogy a meglévő határátkelőhelyek működése megfelel-e a jogszabályban meghatározott feltételeknek, illetve a határátkelőhely általános követelményeinek, és szükség esetén javaslatot tesz a határátkelőhely fejlesztésére, átminősítésére, valamint működésének ideiglenes szüneteltetésére vagy megszüntetésére.
A kormányhatározat értelmében a javaslattevő, véleményező és tanácsadó munkacsoport vezetője a belügyminiszter által kijelölt államtitkár lesz. A testület tagjai a külgazdasági és külügyminiszter, a nemzetgazdasági miniszter, az emberi erőforrások minisztere, a nemzeti fejlesztési miniszter, a Miniszterelnökséget vezető miniszter, a földművelésügyi miniszter, valamint a honvédelmi miniszter által kijelölt állami vezetők lesznek, az országos rendőrfőkapitány vagy kijelölt helyettese, továbbá az Alkotmányvédelmi Hivatal, az Országos Katasztrófavédelmi Főigazgatóság, a Bevándorlási és Állampolgársági Hivatal, a Nemzeti Adó- és Vámhivatal, a Nemzeti Védelmi Szolgálat vezetője vagy az általa kijelölt helyettese. A munkacsoport tagjai díjazásban nem részesülnek.
A határ-ellenőrzési munkacsoportot évente legalább három alkalommal kell összehívni – rögzíti a kormányhatározat.