Nincs olyan adat, amely bizonyítaná, hogy a társaság a bányajáradékok fizetését illetően a versenytársaihoz képest kedvezőbb elbánásban részesült volna – állapította meg indoklásában a luxembourgi székhelyű uniós ítélkező fórum, elvetve a brüsszeli bizottságnak, az EU javaslattevő-végrehajtó intézményének ezzel kapcsolatos álláspontját.
A magyar bányászati törvény értelmében a kitermelési engedéllyel rendelkező bányavállalkozók a szénhidrogének, a kőolaj és a földgáz kitermelése után bányajáradékot kötelesek fizetni az államnak. A bányajáradék mértékét 2008-ig főszabály szerint a kitermelt ásványi nyersanyag értékének 12 százalékában határozták meg.
A Mol 2005 szeptemberében 12 olyan szénhidrogénmezőre kérte bányászati jogainak meghosszabbítását, amelyek tekintetében kitermelési engedélyt adtak ki, de amelyeken még nem kezdték meg a kitermelést. Ugyanazon év decemberében a Mol és a magyar állam megállapodást írt alá, amelyben öt évvel meghosszabbították e 12 mező tekintetében a kitermelés megkezdésének határidejét. A meghosszabbítási járadékot – amely járadék összegének a bányászati törvény értelmében magasabbnak kellett lennie az alapjáradék összegénél – az említett ötéves időszak minden évére nézve 12,24 és 12,6 százalék között határozták meg. A felek továbbá 15 évre megállapodtak abban, hogy e járadékot kell alkalmazni a Mol minden, már termelésbe állított mezőjére, vagyis 44 szénhidrogénmezőre és 93 földgázmezőre. A megállapodás tehát e mezők tekintetében megnövelt bányajáradékot eredményezett.
A bányászati törvényt azonban 2007-ben módosították, és a bányajáradék mértékét 2008. január 8-i hatállyal főszabály szerint 30 százalékra emelték. Ez az emelés nem érintette a Mol mezőit, amelyekre továbbra is a 2005. évi megállapodásban meghatározott mértékek vonatkoztak.
Az Európai Bizottság 2010 júniusában azt állapította meg, hogy a Mol vonatkozásában érvényesített bányajáradék-megállapodás és a Mol versenytársaira irányadó bányajáradék-emelés együttesen a közös piaccal összeegyeztethetetlen állami támogatásnak minősül. A brüsszeli bizottság felszólította Magyarországot, hogy téríttesse vissza a Mollal ezt a támogatást, amelynek összege 2008-ban 28 milliárd 445 millió forint (közel 96,6 millió euró), 2009-ben pedig 1 milliárd 942 millió forint (közel 6,6 millió euró) volt.