A vád szerint Jun összeesküvést szervezett az akkori védelmi miniszterrel és másokkal, hogy a hadiállapot kihirdetésével lázadást robbantson ki. Azzal is vádolják, hogy katonai erőket vezényelt a parlamenthez, hogy megakadályozza a törvényhozókat a rendelet leszavazásában.
A vádemelésre Jun fogvatartási idejének törvényes lejárta előtt egy nappal került sor.
A törvény szerint a gyanúsítottat szabadon kell engedni, ha a fogvatartási időn belül nem emelnek vádat ellene. A vádemeléssel Jun lett az első hivatalban lévő elnök Dél-Korea történetében, aki ellen fogva tartása alatt emeltek vádat.
A magas rangú tisztviselők korrupcióját vizsgáló hivatal, a CIO január 15-én vetette őrizetbe a december 3-i hadiállapot kihirdetése miatt.
A hivatalos letartóztatási parancsot január 19-én adták ki. A Jun elleni nyomozást vezető CIO a múlt héten adta át az ügyet az ügyészségnek, mivel a hivatalnak nincs törvényes felhatalmazása arra, hogy vádat emeljen egy elnök ellen. Vasárnap vezető ügyészek gyűltek össze az ország minden részéből, hogy megvitassák a következő lépéseket Jun ügyében.