A két megközelítés közötti különbség óriási. Az európai előírások szerint addig nem hozható forgalomba egy termék, amíg arról száz százalékban nem zárták ki a káros élettani hatásokat. Amerikában ugyanakkor a bizonyítás rendje fordított: egészen addig a polcokon lehetnek az egyes termékek, amíg be nem bizonyítják, hogy az egészségre vagy a környezetre ártalmasak. A két elv közötti ellentétet az amerikai tárgyaló fél lépésről lépésre szeretné feloldani a génmódosított szervezetekre vonatkozó európai előírások felvizezésével. Céljuk egyrészt a génmódosított anyagokat tartalmazó termékek behozatali engedélyezésének könnyítése, illetve felgyorsítása, másrészt olyan külön alkuk kötése, amelyekkel termékről termékre haladva kiskapukat nyitnának az európai forgalmazás előtt.
A Magyar Természetvédők Szövetsége (MTVSZ) a nyilvánosságra került levelezés kapcsán arra hívta fel a figyelmet, hogy „ha esetleg nem is változnának a génmódosított szervezetekre vonatkozó európai jogszabályok, önmagában már az is komoly problémát okozhat, ha a jelenlegi szabályok végrehajtása, alkalmazása változik meg.” Az MTVSZ álláspontja szerint így a géntechnológiai cégek kívánságának megfelelően felgyorsulna a génmódosított szervezetek európai engedélyezése, vagy az EU feloldaná az engedéllyel nem rendelkező génmódosított szervezetekre vonatkozó zéró toleranciát az élelmiszerekben és a vetőmagokban. Szerintük ez utóbbi a valóságban azt jelentené, hogy az unió legálissá tenné a GMO-szennyezést, amelyre a kanadai szabad kereskedelmi egyezmény közzétett szövegében is szerepelnek bizonyos kitételek. Az MTVSZ emlékeztet arra, hogy a kanadai egyezmény tárgyalása során már kiszivárgott olyan dokumentum, amelyben az Európai Bizottság korábbi egészségügyi és fogyasztóvédelmi biztosa, Tonio Borg megígérte kanadai miniszter kollégájának, hogy az unió hajlandó lenne a lehető leghamarabb engedélyezni a génmódosított repce behozatalát. A természetvédő szövetség kitér arra, hogy a GMO-termékekkel kapcsolatban eddig felmerült aggodalmakra válaszul a bizottság egy évvel ezelőtt a lakosság megnyugtatása érdekében még azt állította, hogy az amerikai szabad kereskedelmi egyezmény miatt nem fognak változni a génmódosított szervezetekre vonatkozó jogszabályok, sőt, az élelmiszer-biztonság kérdése nincs is napirenden, ezzel szemben az eddig napvilágra került tárgyalási anyagok ennek ellenkezőjét bizonyítják.
