A pénteki sormintát folytatva a szombati szabadedzésen is Sergio Pérez autózta a leggyorsabb kört a Red Bull-lal, ismét Charles Leclerc (Ferrari) lett a második, majd Max Verstappen (Red Bull), Carlos Sainz (Ferrari), Lando Norris (McLaren) és Daniel Ricciardo (McLaren) volt a további sorrend.
A tréning, majd ezt követően a bakui kvalifikáció is tizenöt perc csúszással kezdődött, mivel a Formula–2-es sprintfutamon történt baleset miatt helyre kellett állítani a Tecpro-falat. A szabályok szerint pedig legalább két órának kell eltelnie az időmérő és az utolsó szabadedzés kezdete között, ez okozta a késést.
A kvalifikáció első szakaszában Verstappennek sikerült megtörnie a jeget, ő nyert, vagyis a hétvége során először nem Pérez vagy Leclerc végzett az élen, igaz, a második és a harmadik helyet sikerült megkaparintaniuk. Két és fél fél perc volt hátra a Q1-ből, amikor Lance Stroll egy körön belül másodszor is eltalálta a falat. Az utóbbi koccanása után az első szárnyát elhagyta a pályán, ráadásul az Aston Martin első felfüggesztése is eltört, az időmérőt pedig átmenetileg leintették. Az első szakaszban végül Stroll mellett Kevin Magnussen (Haas), Alex Albon (Williams), Nicholas Latifi (Williams) és Mick Schumacher (Haas) esett ki.