A színésznőt két egymást követő évben (1989, 1990) ismét Oscar-díjra jelölték: előbb az Ellenségek – egy szerelmi történet című holokausztdráma mellékszereplőjeként, majd főszereplőként a Stephen Frears rendezte Svindlerek című drámában. Utóbbiban agyafúrt csalót formált meg szőke parókában, ő maga ezt a filmjét kedveli a legjobban. Annak idején felajánlották neki a Tortúra című film főszerepét is, de nemet mondott a Svindlerek miatt, és a helyébe lépő Kathy Bates Oscar-díjat kapott alakításáért. Sokoldalú tehetségét két alkalommal Woody Allen rendezésében is megcsillogtatta (Bűnök és vétkek, Rejtélyes manhattani haláleset).
További rajongókat szerzett az Addams Family Morticiájának megformálásával a galád családról szóló sorozat több darabjában. A 2000-es években többször forgatott Wes Anderson rendezővel: közös munkáik között volt családi vígjáték (Tenenbaum, a háziátok), komédia (Édes vízi élet) és kalandfilm (Utazás Dardzsilingbe), a Kutyák szigete című animációhoz pedig hangját adta. Több tévésorozatban is szerepet vállalt, 2005-ben a Vasakaratú angyalok című alkotásért Golden Globe-díjjal tüntették ki. Legutóbbi munkái közt van vígjáték (Trouble), thriller (John Wick: 3. felvonás – Parabellum) és második világháborús filmdráma (Anyára várva).
Apja nyomdokaiba lépve néhány alkalommal a kamera túloldalán, rendezőként is kipróbálta magát (Bastard Out of Carolina, Agnes Browne), e munkáiért a cannes-i filmfesztivál díjára jelölték. Számos alkalommal kölcsönözte a hangját animációs filmekhez. 2002-ben a Véres munka című krimiben színészként dolgozott együtt Clint Eastwooddal, aki 1990-ben Huston apját játszotta Az elefántvadász című filmben. (Az alkotás az 1951-ben Katharine Hepburn és Humphrey Bogart főszereplésével készült Afrika királynője forgatásának körülményeit elevenítette fel.)
