A Queen élőben is remekül szólt, Freddie talán legjobb formájában az 1985-ös Live Aid koncerten volt.
Még fénykorukban, 1986-ban jutottak el Budapestre, fellépésükről a Népstadionban film készült.
Az énekes ezután visszavonult a nyilvánosság elől, készített két szólólemezt (az egyiket a katalán Montserrat Caballé operaénekesnővel). A Queen utolsó két albumát már nem kísérte világ körüli turné, Mercury az 1991-ben megjelent Innuendón található The Show Must Go On című dallal búcsúzott a közönségtől, az élettől. A másságát soha nem titkoló Mercury 1991. november 23-án hivatalosan is megerősítette az AIDS-betegségéről terjengő pletykákat - egy nappal később meghalt.
Ő volt az első jelentős rockzenész, akit az AIDS vitt el, így halála világszerte hatalmas megdöbbenést váltott ki.
Pályatársai néhány hónap múlva hatalmas koncerttel tisztelegtek emléke előtt. Halála egyben a Queen végét is jelentette: társai több próbálkozás után végül Paul Rodgersszel turnéztak, még lemezt is készítettek vele, de ez már nem volt az igazi.
Mercury hátrahagyott, félkész dalaiból jelent meg 1995-ben a Made in Heaven című lemez, majd 2019-ben addig kiadatlan Time című dala. Az életéről készült Bohém rapszódia című filmet (a cím utalás legnagyobb slágerükre) 2018-ban mutatták be, a világpremier a londoni Wembley Arénában volt, a Mercuryt megdöbbentő hűséggel alakító Rami Maleket Oscar-díjjal jutalmazták. Az énekesnek világszerte több szobra van, Angliában bélyeg is megjelent az emlékére, 2013-ban Indiában békafajt neveztek el róla, amelyet annak a helynek közelében fedeztek fel, ahol gyermekkorát töltötte. A Queen 2012-ben került be a rock and roll hírességek csarnokába. Freddie Mercury máig élő népszerűségét jelzi, hogy jóllehet nem Angliában született, a BBC száz legnagyobb britről készült felmérésében az 58. helyre került.
