Perzsa párszi szülőktől a brit gyarmat afrikai Zanzibáron született Farrokh Bulsara néven, és Indiában nőtt fel. Már túl volt első együttesén, amikor a család a hatvanas évek végén Angliába költözött, ő pedig beiratkozott egy művészeti iskolába. Szorgalmasan látogatta a klubokat és koncerteket, így ismerkedett össze jövendő zenésztársaival, az asztrofizikusként is elismert Brian May gitárossal és Roger Taylor dobossal. Kisebb kitérők után 1971-ben alapították meg a Queen együttest, amelyhez sokáig keresték a basszusgitárost, végül három korábbi jelölt után John Deacon mellett állapodtak meg.
A Queen hangzását May jellegzetes gitárjátéka mellett Mercury éneke szabta meg,
az övé volt a rockzene egyik legnagyobb hangja, amellyel az operaszínpadokon is megállta volna a helyét.
Vonzódott is a teatralitáshoz, ami szerzeményeinek zenei világában, a koncertek külsőségeiben is megnyilvánult, excentrikus megjelenésével, jelmezeivel irányította magára a figyelmet. Könnyen keresett pénze könnyen ment el, fényűző életmódjáról legendák keringtek. Megesett, hogy majdnem félmillió dollárt fizetett egy kínai porcelánért, amely megtetszett neki, máskor születésnapi partijának vendégeit Ibizára röptette, ahol tűzijáték és flamencotáncosok szórakoztatták őket.
A kezdetben csak küszködő banda első lemeze 1973-ban jelent meg. További három album volt a hátuk mögött, amikor 1975-ben a boltokba került az igazi nagy dobásnak bizonyuló A Night at the Opera című album. Ezen hallható a Mercury által írott, csaknem hatperces miniopera, a Bohemian Rhapsody. A több "felvonásból" álló, refrén nélküli számban az énekes, akinek hangját többször is egymásra keverték, megcsillogtathatta négyoktávos hangterjedelmét. A csillagászati összegből rögzített kislemez, amelyhez - évekkel az MTV zenei csatorna elindulása előtt - az első igazi videoklip készült, két különböző alkalommal is milliós példányszámban kelt el, és több szavazáson is minden idők legjobb dalának választották.
A Queen ontotta a remek slágereket, a Somebody to Love, a Radio Ga Ga, a Who Wants to Live Forever, a We Will Rock You, az I Want to Break Free vagy a Bicycle Race egy korszak meghatározó dalaivá váltak, a We Are the Champions pedig nemcsak a brit Munkáspárt választási dala volt, de a futballstadionokban mind a mai napig üvöltik a szurkolók. Ezért igencsak meglepő, hogy az együttes pályafutása során Angliában csak három, Amerikában pedig két kislemezt tudott a listák élére röpíteni, ezek közül az egyik a David Bowie-val közös Under Pressure volt 1981-ben.
A Queen élőben is remekül szólt, Freddie talán legjobb formájában az 1985-ös Live Aid koncerten volt.
Még fénykorukban, 1986-ban jutottak el Budapestre, fellépésükről a Népstadionban film készült.
Az énekes ezután visszavonult a nyilvánosság elől, készített két szólólemezt (az egyiket a katalán Montserrat Caballé operaénekesnővel). A Queen utolsó két albumát már nem kísérte világ körüli turné, Mercury az 1991-ben megjelent Innuendón található The Show Must Go On című dallal búcsúzott a közönségtől, az élettől. A másságát soha nem titkoló Mercury 1991. november 23-án hivatalosan is megerősítette az AIDS-betegségéről terjengő pletykákat - egy nappal később meghalt.
Ő volt az első jelentős rockzenész, akit az AIDS vitt el, így halála világszerte hatalmas megdöbbenést váltott ki.
Pályatársai néhány hónap múlva hatalmas koncerttel tisztelegtek emléke előtt. Halála egyben a Queen végét is jelentette: társai több próbálkozás után végül Paul Rodgersszel turnéztak, még lemezt is készítettek vele, de ez már nem volt az igazi.
Mercury hátrahagyott, félkész dalaiból jelent meg 1995-ben a Made in Heaven című lemez, majd 2019-ben addig kiadatlan Time című dala. Az életéről készült Bohém rapszódia című filmet (a cím utalás legnagyobb slágerükre) 2018-ban mutatták be, a világpremier a londoni Wembley Arénában volt, a Mercuryt megdöbbentő hűséggel alakító Rami Maleket Oscar-díjjal jutalmazták. Az énekesnek világszerte több szobra van, Angliában bélyeg is megjelent az emlékére, 2013-ban Indiában békafajt neveztek el róla, amelyet annak a helynek közelében fedeztek fel, ahol gyermekkorát töltötte. A Queen 2012-ben került be a rock and roll hírességek csarnokába. Freddie Mercury máig élő népszerűségét jelzi, hogy jóllehet nem Angliában született, a BBC száz legnagyobb britről készült felmérésében az 58. helyre került.
