Jordánt ekkor már jól ismerte a szombathelyi közönség, rendszeresen vendégszerepelt a városban, a Nemzeti Színház főigazgatójaként is, amelynek tisztét 2003 és 2008 között töltötte be. Már 2003-ban, amikor a hatvanadik születésnapját ünnepelte Szombathelyen, új színház alapításáról beszélt közönségtalálkozón. Ez a Nemzeti Színház mindenkori vezetőjétől kissé szokatlan gondolkodás, Jordán pályáját tekintve nem annyira. Kezdetben sokan kételkedtek abban is, hogy a független társulatokat felkaroló Merlin Színház vezetője beválik-e az ország első teátrumának igazgatójaként, ám Jordán tisztában volt a feladattal: a Nemzetiben olyan színházat valósított meg, ami oda való.
Igazgatóságának első öt éve komoly megpróbáltatásokkal teli, a helyőrségi művelődési otthon hosszan tartó átépítésétől kezdve a 2011-es kulturális megszorításokig, amely ezt a várost sem hagyta érintetlenül. 2012-ben írtak ki újra igazgatói pályázatot, amelyen Koltay Gábor és a színház korábbi főrendezője, Dömötör Tamás is elindult. Koltay pályázata nem szivárgott ki, ám visszalépett, Dömötör Tamás pályázata viszont kiszivárgott, mégsem lépett vissza, mint most Dér András. Végül a közgyűlés teljes támogatásával Jordán Tamás újra igazgató lett. Nem úgy, mint most. A jelek szerint ugyanis a szombathelyi közgyűlés kormánypárti fele elmozdítaná Jordánt a székéből, az ellenzék pedig marasztalná még öt évre. (Holott valószínű, hogy a közönség nagyobb fele inkább kormánypárti, bár a színházakban a pártpreferencia valójában nem számít.) Végül – a kiszivárogtatott pályázat „botrányára” hivatkozva – a közgyűlés úgy döntött, új igazgatói pályázatot ír ki. Az időhúzás viszont abból a szempontból kellemetlen, hogy a színházakban ilyenkor kezdődnek a szerződtetési tárgyalások az új évadra.
