Jeruzsálem pusztulásával a zsidó és a keresztény vallás számtalan emléke semmisült meg, tűnt el. A kincsek javarészt már Titus korában szétszóródtak; a hódító császár Daphnéban emeltetett színházának felirata szerint az építmény a júdeai zsákmányból készült. A megkaparintott kincsekből emelt legismertebb emlékmű a Colosseum, azaz az Amphitheatrum Flavium. A templom szobrait a győztes Antiokheiába vitette. Néhány kisebb „emléktárgyat”, tóratekercset, bársonykárpitot Vespasianus a saját palotájába vitetett.
A szövetség ládájának eltűnéséért valószínűleg nem Titus a felelős. Amikor a ládát Salamon király templomába vitték, már csak a kőtáblák voltak benne. A frigyláda utolsó bibliai említése a Makkabeusok második könyvében található; itt arról olvashatunk, hogy Jeremiás Nébó hegyének egy barlangjába rejtette el a szövetség ládáját és a sátrat a közelgő babiloni invázió elől. Az azonban nem derül ki a Szentírásból, hogy mi lett az így megmenekített frigyszekrény későbbi sorsa. Az exegéták szerint a legendának a szövegbe emelésével csupán az volt a szerző célja, hogy az istentisztelet folytonosságát bizonyítsa Mózestől kezdve a salamoni templomon keresztül a Makkabeusok koráig, tehát voltaképpen nem a frigyláda tényleges történetére vonatkozó utalás az elrejtéstörténet. Úgy tűnik, a szövetség ládája a babiloni megszállás alatt tűnt el vagy semmisült meg, Titusnak már nem volt lehetősége a prédálására, ő csak a jeruzsálemi templom egyéb, vélhetően újabb kori kincseit vitette Rómába.
A kereszténység rohamos terjedése következtében igen korán felébredt az igény azoknak az emlékeknek a megőrzésére, amelyek Jézussal, az apostolokkal és az első vértanúkkal hozhatók kapcsolatba. Ez az érdeklődés azonban csak nagyon kevés vonásában emlékeztet mai történelmi szemléletünkre. A Szentföld és Jeruzsálem már a negyedik században az ereklyegyűjtők célpontjává vált. Szent Ilona, Nagy Konstantin édesanyja személyesen zarándokolt el a Szentföldre, hogy keresztény templomokat építtessen az üdvtörténet főbb eseményeinek színhelyén, és megtalálja Jézus Krisztus keresztfáját. Legendája szerint igen kitartóan, fáradhatatlanul kereste a keresztfát; sőt ha a szükség úgy kívánta, fenyegetett, zsarolt, éheztetett. Végül 326-ban különféle csodálatos jelenségek közepette egy Hadrianus által emelt pogány templom alatt megtalálta a keresztet. Kétségkívül ez volt a legjelentősebb szentföldi ereklye, manapság pedig egész erdőnyi fát tenne ki a világ templomaiban őrzött számtalan, szentkereszt-partikulának tartott szálka.
Szent Ilona nyomán valóságos zarándoktömegek indultak Jeruzsálembe. Úgy tűnik, a kegyes érzések és az áhítat keresése már az ókor végén is együtt járt különféle nemkívánatos mellékjelenségekkel. Szent Jeromos lelki gyermeke, Paula jeruzsálemi útja kapcsán említi egy levelében az erkölcsi romlást, a városban uralkodó lehetetlen állapotokat; Nüsszai Szent Gergely pedig már egyenesen ellenezte a szentföldi zarándoklatokat, annyi visszaélés történt. Ebben a korban alapozódott meg az igen jól jövedelmező ereklyekereskedelem. Szent Radegundisz valóságos ereklyeszerző expedíciót indított a Szentföldre. Az utazók növekvő számával lassan kiépült a szentföldi zarándoklatok „infrastruktúrája”. Az utazókat tapasztalt kísérők vezették, sőt a IV. században már útikönyv is készült. A nagy tömegvándorlások útjában csak az arabok meg-megújuló támadásai jelentettek akadályt, de még a 638-tól 1099-ig tartó arab uralom sem vetett véget a peregrinációnak, sőt a látogatók fogadására zarándokházak épültek. A magyarok megtérése a jeruzsálemi zarándoklatok szempontjából két okból is fontos esemény volt: egyrészt új szárazföldi út nyílt meg dél felé, másrészt Szent István igen jelentős zarándokházat és templomot létesített Jeruzsálemben. Az utak jobb megszervezése és a zarándokok ellátásának biztosítása azonban nem tette veszélytelen vállalkozássá a szentföldi utazást.
Az 1095-ös clermonti zsinat záróbeszédében II. Orbán pápa ezért felszólította a jelenlevőket, hogy fogjanak fegyvert Krisztus sírja védelmében. Egész Európa lázban égett, a jó szándékú vállalkozókon kívül sokan a gyors meggazdagodás reményében indultak útnak. A Magyarországon átcsapó kalandorok igen sok kellemetlenséget okoztak az országnak, a rabló- és fosztogatócsapatokat Könyves Kálmán seregei verték szét, és kergették ki az ország területéről. Az első keresztes hadjárat végül sikerrel járt, és szörnyű vérengzéssel bevették Jeruzsálemet. 1099-től 1187-ig a Jeruzsálemi Latin Királyság biztosította a szabad zarándoklatot a Szentföldre. A keresztesek hatalmának megtörése után egészen az 1947. november 29-i ENSZ-határozat megszületéséig a Szentföldön különböző mohamedán hatalmak uralma érvényesült; de a zarándoklatok sora sohasem szűnt meg teljesen. A középkor eleji ereklye- és kincsvadászok tevékenysége mellett mindig is élt az igény az Ószövetség szent helyeinek tudományos megismerésére. A Szentföld felé irányuló figyelmet nemcsak az újabb keresztes háborúk sikertelen próbálkozásai tartották ébren, hanem Assisi Szent Ferenc zarándoklata is, aki a káptalan utasítására 1219-ben indult a keresztesekkel Egyiptomba, ahol megkísérelte keresztény hitre téríteni Al-Malik al Kamil szultánt. Ez a próbálkozás ugyan sikertelen maradt, de a Poverello igen mély benyomást gyakorolt a szultánra, aki engedélyezte a ferences szerzetesek működését országában. A ferencesek így váltak a Szentföld őreivé, 1335-től hivatalosan pápai okmányokban is így nevezik a rendet.
A XV–XVI. századtól egyre több történész és teológus próbálta meg rekonstruálni a templom szerkezetét. Alberto da Sartino (+ 1450) ferences rendfőnök például külön könyvet szentelt az antik Palesztina régiségei bemutatásának; Adrichomius Christianus (1533–1585) a Jézus korabeli Jeruzsálem helyrajzának elkészítésére vállalkozott sok kiadást megélt könyvében; Jodocus a Meggen 1580-ban megjelent jeruzsálemi útinaplójában számtalan „régiségről” is hírt ad. Arias Benito (1527–1598) Antiquitatum iudaicarum című, 1593-ban kiadott műve már szinte tudományos igénnyel veszi számba a zsidó emlékeket, elsősorban a Szentírás szövegei alapján végezve el az elméleti rekonstrukciót.
A XVII–XVIII. században jócskán megszaporodtak a jeruzsálemi és palesztinai régiségekről megjelent könyvek, ám rendszeres tudományos kutatásokra, ásatások végzésére csak a XIX. század közepétől volt lehetőség. A német Tobler 1835-ben, az amerikai Robinson 1838-ban helyezkedett arra az álláspontra, hogy semmilyen történetet vagy legendát nem hajlandók elfogadni Jeruzsálemmel kapcsolatban, csak ami a történeti kritika szabályai szerint bizonyítható. Jeruzsálem tudományos régészeti topográfiája e két kutató nevéhez fűződik. A szent város megismerésére a XIX. század folyamán már komoly társaságok alakultak. A legtekintélyesebb ezek közül a londoni székhelyű Palestine Exploration Fund, amely 1865-ben jött létre. A társaság nevében Jeruzsálemben kutató Charles Waren találta meg a Haram-es-Seriftől délre található, 236 méter hosszú falat, amely a bibliai időkből származik. Szintén Waren fölfedezése volt a vár felső részéből a Gihon-forráshoz vezető föld alatti alagút, amelyet Parker 1909–1911 között végzett ásatásai tettek szabaddá. 1877-ben Lipcsében is alakult egy Palesztina-kutató társaság, a Deutscher Verein zur Erforschung Palästinas, amely hamarosan rendszeresen megjelenő folyóiratot is kiadott.
A tudományos vizsgálódás rendszeressé válásával azonban nem szűntek meg a kincskeresők rohamai sem. A svéd származású Henning Melander 1897-től kezdve kereste a frigyládát, méghozzá a Hakeldama területén, ahová szerinte Jeremiás rejtette el. Hozzá hasonló kitartással keresgélt a finn Walter Juvelius is, aki viszont úgy gondolta, hogy Dávid vára alatt, egy titkos üregben van elrejtve a szövetség ládája.
A kutatásokat sokszor nehezítette és nehezíti a szent helyeket őrzők ellenállása. 1911-ben egész Jeruzsálemet hatalmába kerítette a tiltakozási láz, amikor Parker az Omar mecset közelében egy föld alatti folyosót tárt föl, és az igazhitűek szerint ezzel megsértette a hely szentségét. Hasonló eset történt 1981-ben, amikor ultraortodox zsidók ezrei tiltakoztak Jeruzsálemben régi zsidó sírok feltárása miatt. A fanatikusok nem csupán tiltakoztak, hanem 1986-ban fel is dúltak egy régészeti ásatást Tel-Harornál. Ezeknek a csoportoknak olyan befolyásuk van a törvénykezésben, hogy egy közelmúltban hozott izraeli kormányhatározat értelmében emberi maradványokon semmilyen tudományos vizsgálat nem végezhető, a kiásott csontokat pedig újra el kell temetni. A jeruzsálemi Rockefeller Múzeumból többkamionnyi csontot szállítottak el újratemetésre.
Az egyik hasonló perpatvar éppen a frigyláda keresése miatt robbant ki 1981-ben. Slomo Goren főrabbi a Siratófal föld alatti részének kutatása során felfedezett egy bejáratot, amely elképzelései szerint Salamon templomában egyenesen a szentélybe vezetett. Mivel az elfalazott kapu mögül vízszivárgást észleltek a kutatók, megpróbáltak továbbásni, és el is jutottak egy befalazott kamráig. Ekkor azonban az ásatás híre eljutott a hegy felügyeletét ellátó mozlim hatóságig, és a hivatal felháborodottan tiltakozott a mecsetek „aláásása” miatt. Bár utólag a feltárt járatot befalazták, Goren rabbi később azt állította: meggyőződtek róla, hogy a kamra a salamoni templom eredeti kincseit, köztük a frigyládát rejti.
Erre még Zelenszkij sem számított, megdöbbentő helyre szöknek az ukrán férfiak
