A Magyar Közlönyben közzétett és 2013. július 31-én hatályba lépő kormányrendelet szerint a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a miniszterelnök irányítja, aki ezt a feladatot a Miniszterelnökséget vezető államtitkár útján látja el.
Az MTI érdeklődésére a döntéssel kapcsolatban a Kormányzati Információs Központ korábban azt közölte: „a magyar állam abban érdekelt, hogy a 2014–2020 közötti uniós támogatási periódus lehívását elősegítő struktúra, és ezáltal a lehívás stratégiája az állam számára eredményesebb, az állam és az állampolgárok számára pedig hasznosabb eredménnyel záródjon, mint a Bajnai Gordon irányításával kialakított, majd minisztersége és miniszterelnöksége alatt üzemeltetett rendszer. Ezeket a szempontokat figyelembe véve alakítja ki és alakítja át a kormány ezt a rendszert.”
A kormányrendelet alapján a Miniszterelnökséget vezető államtitkár az európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikáért való felelőssége körében összehangolja a központi államigazgatási szervek európai uniós támogatási forrásokból finanszírozott országos szintű fejlesztéssel kapcsolatos tevékenységét, és követelményeket dolgoz ki a támogatáspolitikai intézkedésekhez.
A feladatai közé tartozik, hogy összehangolja az európai uniós támogatási források felhasználását, nyomon kövesse az európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikai programok végrehajtására javasolt intézkedések hatásait, és ezekről a kormányt tájékoztassa.
Emellett ellátja a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség és a közreműködő szervezetek döntéseivel összefüggésben kezdeményezett jogjogorvoslati eljáráshoz kapcsolódó feladatokat, és ellátja az NFÜ irányításával összefüggő feladatokat, gyakorolja az ahhoz kapcsolódó hatásköröket.
A Nemzeti Fejlesztési Ügynökség vezetésével kapcsolatos feladatokat Lázár János Miniszterelnökséget vezető államtitkár kormánybiztosként látja el 2013. augusztus 1. és 2014. május 31. között, és gyakorolja a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség elnökének teljes hatáskörét. Az erről szóló kormányhatározat szerint a kormánybiztos tevékenységét a miniszterelnök irányítja, feladata ellátásáért a miniszterelnöknek felelős.
A nemzeti fejlesztési miniszter a jövőben a nem európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikáért felel, többek között a beruházásösztönzési, a turisztikai célelőirányzat, illetve az innovációs alap forrásait és a pályázatokat lebonyolító közreműködő szervezeteket – például az ESZA-t és a VÁTI-t – felügyeli.
A Nemzeti Fejlesztési Minisztériumnál új államtitkárság alakult Horváth Attila Imre fejlesztés- és klímapolitikáért, valamint kiemelt közszolgáltatásokért felelős államtitkár vezetésével. Ő felel a nem uniós forrásokon alapuló fejlesztési célelőirányzatok kezeléséért, a zöldgazdaság fejlesztéséért, valamint hatáskörébe tartozik a területfejlesztés, a klímapolitika és egyes közszolgáltatások szabályozása.
A kormány 2006. július elsején hozta létre a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a Nemzeti Fejlesztési Hivatal jogutódjaként a hosszú és középtávú fejlesztési és tervezési feladatok, az Európai Unió pénzügyi támogatásainak igénybevételéhez szükséges feladatok ellátására.
