A nemzeti fejlesztési miniszter a jövőben a nem európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikáért felel, többek között a beruházásösztönzési, a turisztikai célelőirányzat, illetve az innovációs alap forrásait és a pályázatokat lebonyolító közreműködő szervezeteket – például az ESZA-t és a VÁTI-t – felügyeli.
A Nemzeti Fejlesztési Minisztériumnál új államtitkárság alakult Horváth Attila Imre fejlesztés- és klímapolitikáért, valamint kiemelt közszolgáltatásokért felelős államtitkár vezetésével. Ő felel a nem uniós forrásokon alapuló fejlesztési célelőirányzatok kezeléséért, a zöldgazdaság fejlesztéséért, valamint hatáskörébe tartozik a területfejlesztés, a klímapolitika és egyes közszolgáltatások szabályozása.
A kormány 2006. július elsején hozta létre a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a Nemzeti Fejlesztési Hivatal jogutódjaként a hosszú és középtávú fejlesztési és tervezési feladatok, az Európai Unió pénzügyi támogatásainak igénybevételéhez szükséges feladatok ellátására.
