Az alapítvány szellemi szülőatyja Szőcs Géza Kossuth-díjas költő, az alapító intézmények a Pen Club, Pécs Város Önkormányzata és a Széchenyi Bank volt. A Janus Pannonius Alapítvány 2011-ben már ki is osztotta az első díjat, ami igen komoly jutalom volt: egy 50 000 eurós Janus Pannonius költői nagydíj. Szőcs Géza halála után Benyhe István hispanista, volt államtitkár lett az elnök, aki többek között azt is elmondta , hogy eddig tíz nagydíjat osztott ki az alapítvány, a szponzorációval viszont az utóbbi időben gondok akadtak. Azt is hozzátette, hogy ettől függetlenül fontos az alapítvány munkássága, hiszen
felhívják a figyelmet arra, hogy Janus Pannonius milyen jelentős alakja volt a magyar reneszánsznak, és hogy már akkor is milyen élénk kapcsolat volt a Magyar Királyság és Nyugat-Európa kulturális központjai között.