Az átélt események, jó és rossz élmények hatására költészetének hangneme is megváltozott: az élcelődő, sokszor pajzán epigrammák helyét az uralkodót és környezetét ünneplő alkalmi költemények és a barátokhoz írt komoly hangvételű versek vették át.
A téli hidegben magányosan virágzó mandulafácska szimbóluma jól érzékelteti a Múzsákat elsőként barbár földre vezető öntudatos költő fájdalmát az értő közönség, a szellemileg inspiráló közeg hiánya és saját kulturális izoláltsága miatt.
Több költeményében szinte tapintható realitással ábrázolta betegsége fokozatos előrehaladását, fizikai tüneteit, testi és lelki gyötrődését:
Mintha vad, éles nyíl verné át, oldalam úgy fáj,
Számban sűrüsödik s véresen ömlik a nyál.
Méghozzá: lélegzet alig jön gyenge tüdőmből,
S közben a száraz láz rossz tüze perzsel, emészt.
Nincs pihenés; kerül éjjel-nappal a jószivü álom,
Virrasztok, s iszonyú képsorokat hoz a láz.
Más beteg annyit elér sorsától bús jutalomként,
Hogy kimerült testét álom erősiti meg.
Ám gyötrelmemben soha sincs egy órai csendem,
Csak nyögök és epedek, s nem hagy aludni a kín. [4]
A halál közelségében az újplatonizmus tanai nyújtottak számára némi vigaszt: utolsó nagy elégiáiban e filozófiai irányzatnak a lélek halhatatlanságával kapcsolatos tézisei jelennek meg, leglátványosabban talán az Ad animam suam (Saját lelkéhez) című költeményében. [5]
A késő antikvitásban oly népszerű újplatonizmus eszméit a reneszánszban Marsilio Ficino eleveníti fel és fejleszti tovább a humanista gondolkodásmódhoz igazítva. Janus valószínűleg római követjárása során ismerkedett meg a jeles filozófussal, akinek pár évvel később elküldte elégiáit.
Ficino cserébe Platón Symposionjához írott kommentárjával ajándékozta meg a költőt, és a küldeményhez csatolt levélben kifejezte abbéli reményét, hogy Janus tekintélye majd az ő művének is elismerést szerez: „…írásainknak hitelt ad majd a te nem csekély tekintélyed, úgyhogy ha a pannonoknál elismerésre találnak, azt legalább annyira köszönhetik Janusnak, mint Marsiliónak.