Ballagi Mór 1815. március 18-án született Inócon, egy Zemplén megyei kis településen, szegény család gyermekeként. Gyermek- és ifjúkorát nélkülözés és számos szerencsétlenség árnyékában élte. Kisbérlő édesapja egy 1821-es tűzvész következtében teljesen elszegényedett és az adósok börtönébe került, ezért az egész család nyomorogni kényszerült. De Ballagi Mór – akinek „szelleme széttörte nyomora bilincseit” – tehetségét és szorgalmát kamatoztatva felülemelkedett a nehéz körülményeken, és fáradhatatlan munkájának köszönhetően több tudományterületen is maradandót alkotott.
Tanulmányait Nagyváradon kezdte, ahol filozófiát tanult. Kitartása és vasszorgalma ez alatt az idő alatt csak még erősebbé tette: az éjszakákat a nagyváradi templomok csarnokában töltve és az utcai lámpák fényénél tanulva telt életének ezen időszaka, majd tanulmányai folytatása céljából Nagyváradról Pesten át Pápára gyalogolt, ahol azonban anyagi gondjai miatt csak fél évet töltött, s ahonnan Mórra, majd a felvidéki Surányba került házitanítónak. Ott a helyi plébános segítségével latinul és görögül tanult. Mindössze 18 éves volt, amikor Pápán felvételt nyert filozófiai tanulmányokra, amelyeket követően a budai politechnikumban folytatott műszaki tanulmányokat. Kiváló nyelvérzéke már ekkor megmutatkozott: az egyetemi évek alatt annyira jól tanult, hogy tanulótársainak latin nyelven tartott órákból tartotta fenn magát.
Ballagi Mór a magyar nyelvű bibliafordítás gazdagításában is jelentős szerepet vállalt: lefordította Mózes öt könyvét és Józsué könyvét, amely munkái meghozták számára a megérdemelt kitüntetést: a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagjává választotta. Ez az elismerés felébresztette benne a nemzetépítés vágyát:
s ezzel belekerül a negyvenes évek ama nemzeti és eszményi sodrába, mely az újabb Magyarországot megalkotta; abba a hősies küzdelembe, mely az osztrákosító önkényuralom alatt elalélt magyar nemzetet álmából felébreszteni, mely az osztályjogok és kiváltságok nyűgei alatt szenvedő népet politikailag felszabadítani, az alkotmány sánczai közé bevenni, mely az idegen szellemen élősködő tudományt és irodalmat szabaddá, erőssé és magyarrá tenni tűzte ki magasztos czéljául.
1842-től a Tübingai Egyetemen bővítette filozófiai és teológiai ismereteit, itt szerezte meg a bölcsészdoktori címet. Ezután visszatért Magyarországra és a Szarvasi Evangélikus Gimnázium tanára, majd igazgatója lett. Tanári munkájával járó feladatai mellett pedig a környékbeli, nem magyar nyelvű településeken a magyar nyelv terjesztésével foglalkozott. Később a Kecskeméti Református Teológiai Akadémián és a Pesti Egyesült Protestáns Teológiai Akadémián (mai Károli Gáspár Református Egyetem Hittudományi Karának elődje) oktatott bibliamagyarázatot és keresztény hittudományt. 1848-ban tevékeny szerepet vállalt az első magyar egyetemes tanügyi kongresszuson, honvédkapitányként részt vett a szabadságharcban, a szarvasi hadba vonulók szervezője volt.