A 33 éves támadó 2001 és 2011 között 84 alkalommal lépett pályára a svájci nemzeti együttesben – melynek hosszú időn át csapatkapitánya volt –, s ezeken a találkozókon összesen 42-szer talált az ellenfelek kapujába.
Frei jelenleg a Videotonnal azonos Európa Liga-csoportban szereplő FC Basel futballistája. A hazai győzelemmel zárult székesfehérvári mérkőzésen eltiltás miatt nem játszott, a bázeli „visszavágón” kezdő volt. Az FC Basel előtt korábban más svájci csapatok mellett játszott a Rennes és a Borussia Dortmund együttesében is.
