Ravasz László és Révész Imre a református egyház két legtekintélyesebb püspöke, már 1945-ben felemelte szavát a berendezkedő kommunista diktatúra atrocitásai ellen, hiszen az előrenyomuló szovjet csapatok mögött berendezkedő új hatalom az első pillanattól kezdve ellenségként kezelte a falvak lelkészeit, papjait. A tiszántúli egyházkerületben 1945 júliusáig már harminc olyan lefogott lelkész esetét regisztrálták, akiket rendőri vagy népbírósági eljárás alá vontak. „A jobboldali fasizmust, baloldali fasizmus váltotta fel” – állapította meg Ravasz püspök
Rajk kommunista belügyminiszter rendelete, amellyel mintegy másfél ezer társadalmi egyesületet oszlatott fel, a protestáns egyházakat is súlyosan érintette. 1947-ben pedig „köztársaság-ellenes öszszeesküvéssel”, a hírhedt Magyar Közösség-üggyel hozták összefüggésbe a református egyház egyes tagjait.
A kommunista diktatúra 1948 tavaszán látott hozzá az állam és az egyház helyzetének „rendezéséhez”, az „állam és az egyház szétválasztásához”. Ez a kifejezés, az „újbeszéd” szabályai szerint, pont az ellenkezőjét jelentette. Soha még úgy nem fonódott össze egyházi vezetés az őt elnyomó, sőt puszta létét is fenyegető államhatalommal, soha nem szolgálta azt ki olyan készségesen, az egyház érdekeit semmibe véve, mint az „őrségváltás” utáni évtizedekben.
A református egyetemes konvent határozata a bírói függetlenség felszámolása ellen – 1948 elején – példátlan támadássorozatra ingerelte az állampártot. 1948 márciusában Mihályfi Ernő felszólítására lemondásra kényszerült Lázár Andor Dunamelléki református főgondnok – akit a nyomaték kedvéért április 1-jén le is tartóztattak és az Andrássy út 60.-ba vittek –, majd pár héttel később Ravasz László püspök, egyetemes konventi és zsinati elnök is.
A református egyház 1948. október 7-én kényszerült aláírni az állammal az „egyezményt”, amelynek értelmében négy középiskolája maradt, és húsz éven keresztül, ötévenként 25 százalékkal csökkenő mértékben részesült állami támogatásban.
1949 szeptemberében Révész Imre tiszántúli püspök is lemondott. Utódja az a Péter János lett, aki püspöki székét otthagyva a Kádár-rendszer kommunista külügyminisztere lett. 1950-re befejeződött az „őrségváltás” a református egyházon belül. Ezután négy évtizeden keresztül olyan személyek álltak a református egyház élén, akik az állampárt érdekeit képviselték az egyházon belül, ahelyett, hogy az egyház érdekeit képviselték volna. A református egyház bomlasztása, rombolása tehát belső segítséggel folyt.
Nem használt a református egyház tekintélyének az sem, hogy az egyházi vezetők a tszcs-k szervezése mellett foglaltak állást. A lelkészek többsége azonban, akiktől közösségük iránymutatást, de legalábbis vigasztalást várt, megtagadta a fentről küldött „mintaprédikációk” hirdetését, és híveik mellé állt. Sokan közülük egyházhatósági vagy állambiztonsági retorziókat szenvedtek.
Az 1951. évi I. számú törvény rendelkezett az Állami Egyházügyi Hivatal felállításáról. Ezután rövidesen megegyezett az ÁEH elnöke és a református egyház két vezetője. Ennek értelmében a református egyház „felismerte”, hogy „egyháza érdekében áll” a diakonissza intézetek megszüntetése, az egyházi földek önkéntes felajánlása az államnak, a teológiai akadémiák és az egyházkerületek összevonása. Beáldozták tehát a sárospataki és a pápai teológiai akadémiákat, a budapesti, a sárospataki és a pápai református gimnáziumokat, valamint a tiszáninneni egyházkerületet. A református egyház vezetése teljesen behódolt az egyházellenes, ateista államnak.
1955-ben fiatal református lelkészek egy csoportja a Budapesti Református Teológiai Akadémián hitvalló nyilatkozatot fogalmazott meg. Egy évvel később csatlakozott hozzájuk Ravasz László is, aki memorandumában foglalta össze véleményét a református egyházon belül kialakult helyzetről. 1956 nyarán 160 lelkész aláírásával tárgyalási javaslatot terjesztettek fel az egyetemes konvent elnökségének az egyházi élet megújításáról. Az elnökség október 27-re tűzte ki az előterjesztés megvitatását, ám az az októberi forradalom miatt elmaradt. Október 31-én a Református Megújulási Mozgalom lemondásra szólította fel a kompromittálódott egyházi vezetőket és felkérte Ravasz Lászlót, hogy térjen vissza újból régi beosztásaiba. A szabadságharc vérbe fojtása után azonban ez már nem történhetett meg. A harcokban két református teológiai hallgató vesztette életét, Magócsi István és Herczeg Lajos.
1957-ben az újra megszilárduló állampárti diktatúra az ÁEH előzetes engedélyéhez kötötte az egyházi összejövetelek tartását, egyházi körlevelek kiadását, sokszorosítását. A lemondatott vezetőket visszahelyezték állásaikba, és brutális megtorlást indítottak a megújulási mozgalom résztvevői ellen. 1957-ben 17 lelkész, segédlelkész, illetve teológiai hallgató volt őrizetben. Ezalatt a református egyház hét lelkész-vezetője kapott és fogadott el magas állami kitüntetést a kollaboráns Kádár-kormánytól. Miközben Bereczky Albert református püspök minden felekezet nevében köszönetet mondott Kádár Jánosnak, Győrben végrehajtották a kötél általi halálbüntetést Gulyás Lajos református lelkészen.
Két új program indul a fiataloknak, több tíz milliárd forinttal támogatja őket a kormány
