Kassán, a főkapitányok szállásául szolgált „királyi házban” berendezkedett a fejedelmi kormány, élén a nemrég átpártolt katolikus kállói kapitánnyal, Káthay Mihállyal mint kancellárral. Bocskai István udvarában szolgált még az ifjú Péchi Simon, Bocatius János művelt kassai főbíró és Rimay János költő. Alvinczi Péter udvari papja volt, Bocskai őt Kerekiből hozta magával, és a kassai református gyülekezet élére állította.
A szerencsi országgyűlés Bocskait 1605. április 20-án Magyarország fejedelmévé választotta, s ő már azon gondolkodott, magyar királyi címet kér magának a szultántól. Az országgyűlés üdvözölte és közös eljárásra hívta fel az erdélyieket, örvendvén közös, szép szabadságunknak, „mint az rekeszből kiszaladott madarak”. Nem hirtelen fellobbanás, hanem élettapasztalat eredménye ez. Hányatott életének tanulsága, hogy az ez úton járás az erdélyi magyarság erőkifejtésének lehetősége, Erdély nyugalmának biztosítéka. Bocskai úgy vélte, hogy az akkori kormányzási rendszer féken tartása Erdélyre vár. E hitével aztán nagynevű erdélyi fejedelmeket is példája követésére vonzott. Különálló erdélyi fejedelemség volt az eszménye, amíg Erdély majd a magyar szellemben vezetett Magyarországgal egyesülhet. Ilyen felfogásban kötötte meg a bécsi békét (1606. június 23.). Az Erdélyi Fejedelemséget helyreállították, sőt határait nyugatabbra tolták (Szatmár, Szabolcs, Ugocsa és Bereg megyéket, valamint Tokaj várát Bocskai kapta meg, igaz, csak saját személyére). A királyi Magyarországon helyreállították a vallásszabadságot, s elfogadták azt az elvet, hogy magyar országos méltóságokra csak magyarokat neveznek ki ezután. És Bocskai közreműködött a zsitvatoroki béke létrejöttében (1606. november 13.) a törökkel, ami a háborúskodások végét jelentette.
A nagy fejedelem nem érhette meg művének befejezését. Nemzetünknek tragédiája, hogy történelmünkben alig lehet találni olyan erőkifejtéseket, amelyeket aknamunka vagy idegenbe kacsingató érdekszövetség ne próbált volna megbénítani. Történelmünkben időről időre ki lehetne mutatni nemcsak azt, hogy a nemzeti energia szabad fejlődését egy állandó reakció hogyan igyekezett megnehezíteni, hanem egyúttal azt, hogy legjobbjaink erejét hogyan őrölte fel, ha fizikai létét nem sikerült is mindig megsemmisítenie. Némi vigasz, hogy e szomorú szerep leggyászosabb emlékű képviselői között csak elvétve találkozunk magyarokkal: az áruló Longuevalnak (belga születésű osztrák császári tiszt, II. Rákóczi Ferenc levelezését XIV. Lajossal a bécsi udvarnak játszotta át), Ferrarinak (Marc Aurelio Antonio olasz kalandor, 1551-ben alvinci kastélyában meggyilkolta Fráter Györgyöt) a társaságában csak kivételként tűnik fel egy Pallavicini, egy Ocskay László vagy Káthay Mihály, akit kortársai fejedelmének trónja és élete ellen szőtt összeesküvése miatt bélyegeztek meg.
Bocskai 1606. december 29-én hajnali 5 órakor, egy pénteki napon hosszas szenvedés után meghalt „Magyar országnak örök siralmára”. Olyan körülmények között hunyt el kassai palotájában, melyek országszerte nagy izgalmakat támasztottak. A nyugtalanságnak oka nemcsak abban a bizonytalanságban rejlett, melybe Bocskai nagy műve, a bécsi béke ügye a nagy fejedelem elhunytával jutott, hanem abban az egyáltalán nem titkolt hírben is, hogy Bocskai nem természetes halállal hunyt el, hanem merényletnek, mérgezésnek lett az áldozata. Növelte az izgalmakat, hogy e nagy jelentőségű kérdés – noha minden mód meglett volna rá – a maga törvényes módján a nyilvánosság előtt nem tisztázódott, minek következtében nyílt kérdés maradt az is, hogy e merénylet – ha csakugyan elkövették – csupán egy megtévedt embernek meghibbant agyában fogamzott-e meg, avagy nagyobb szabású politikai manővernek a próbálkozása volt.
A fejedelem halálának híre nem hatott meglepetésszerűen, mivel már május havában életveszélyesen megbetegedett, és ettől az időtől kezdve hét hónapon át megújuló halálsejtelmektől gyötörve állandóan gyöngélkedett, noha időnként jobbra fordult állapota. És remélni engedte, hogy a gyilkos kórt, melyet maga is Káthay kancellár mérgének tulajdonított, leküzdheti erős szervezete. Tudósítások szerint Bocskai vízibetegségben (tehát szív- vagy egyéb szervi bajban szenvedett), minek következtében a lába térdig, majd föl az ágyékig megdagadt. Az életéhez görcsösen ragaszkodó fejedelem egymás után invitálta udvarába a külföldi, bécsi, krakkói orvosokat, akik még szemptember havában sem tudtak közös megállapodásra jutni betegsége természete felől, és mint látszik, kezdetleges gyógyszerekkel igyekeztek őt életben tartani. Jellemző, hogy még a híres krakkói zsidó orvos, Eleázár, aki egyébként hónapokra menő pontossággal jövendölte meg a katasztrófa terminusát, sem tudott baja ellen valójában komoly orvosságot ajánlani.
Bocskai, mint már említettük, meg volt győződve arról, hogy szervezetét Káthay lassan ölő mérge rombolta le. Az egykor hatalmas kancellár (a felkelés kezdetekor Basta alatt szolgált mint Kálló várának vaskezű parancsnoka, innen csatlakozott Bocskaihoz) már hónapok óta a fejedelmi palota börtönében raboskodhatott, amikor (szeptember 7-én) Bocskai azt írta róla Illésházy Istvánnak, hogy egyéb ártalmas praktikái mellett „az mi mostani nyavalyánknak nagy részint hogy fő auktorának vagy köz-társának találtatott”. A Bocskai István megőrüléséről és hirtelen haláláról szóló képtelen híreket Prága és Bécs gyártotta, nem is annyira üres mendemondaként, mint inkább az udvari és katonai körök alattomos mesterkedéseiből eredő jámbor óhajtások gyanánt. Breuner udvari főmarsall 1606. május 15-én nem tudta tovább elhallgatni a nuncius előtt, hogy „ha egy folyamatban levő praktika sikerül, nemsokára Bocskai haláláról értesülhetnek”. Ma már nem tudjuk megmondani, hogy a főmarsall elszólása vajon a Káthay-merényletre, avagy inkább arra az ugyanezen időben szervezett lőpor-összeesküvésre vonatkozott-e, mely hihetőleg prágai irányítás mellett a fejedelmet az országgyűlési rendekkel együtt akarta a levegőbe röpíteni.
Szepsi Laczkó Máté krónikájában igazoltnak tekinti a Káthay elleni vádakat. Erős protestáns szellem lengi át művét, és a becsületes szókimondásnak anynyi őszintesége árad felénk, hogy az egyszerű papot hamisításra képtelennek kell tartanunk. Ne felejtsük el azt sem, hogy művét csak 1619 körül, tehát Bocskai halála után írta meg, amikor már amúgy sem kamatoztathatta volna szeretett ura életéért való aggodalmait. Még szülőhelye, Szepsi is csak 20 kilométerre fekszik Kassától. Szepsi Laczkó megbízhatóságát legyen szabad alátámasztani azzal is, hogy Bethlen Farkas, a nagy történetíró, ki ítéleteiben igen óvatos, és rendszerint hiteles írókat idéz, a Káthay esetére vonatkozó elbeszélést szóról szóra Szepsi Laczkó művéből írta ki.
A „sok különb-különbféle ártalmas praktikákat” űző embert, Káthay kancellárt – két hétre a fejedelem halála után – az elkeseredett hajdúk 1607. január 12-re virradóra felkoncolták.
„A szájába adott Én Kátai Mihály… kezdetű ének gyónásként ismeri el vétkét” (Varga Imre). „Én Kátai Mihály, világnak nagy példa, / Az Epicurusnak voltam unokája, / Sardanapalusnak követője, társa, / Bachusnak, Venusnak, Voluptasnak fia. / Az Istennek nevét nyilván káromlottam, / Mulandó jószágért hitem megtagadtam, / Ellenségnek hazám s nemzetem eladtam, / Velem jót tett uram méreggel itattam. […] Azért mind ez világ rajtam tapasztalja, / Hogy szent igaz légyen az Istennek szava, / Az mit érdemlettem, ihol ezt megadta, / Itt nyugszom, vagdalva, diribről-darabra.” Weöres Sándor az énekről ekként ítélkezik: „Tragikus erejű vers, a magyar költészet egyik legszebbje. Lehetne akár valamelyik Shakespeare-dráma főmonológja.”
A „magyarok paizsa, az „igazság oszlopa”. Bocskai fejedelem halála után látszott meg igazán – írja legnagyobb kutatója, Benda Kálmán –, hogy kit vesztett benne a nemzet, senki sem léphetett a helyébe. Ahogy Péchi Simon írta levelében, néhány szóba is beleöntve a magyar sors minden tragikumát: „Ennyi romlásunk után örökös megmaradásunkra egyetlenegy reménységünk maradt. Immár a szent Úristen közülünk kivevé.”
A magyarság remény és kétségek között vergődve vezér nélkül indult neki az alig megszületett béke éveinek, új szenvedésre, új megpróbáltatásokra. Halála után egy pillanatig úgy látszott, hogy minden, amiért valaha küzdött, amit elért, semmibe vész. Nemcsak Rudolf király, Erdély is szembefordult a nagy halottal. Gyulafehérvárott a rendek eldobták utolsó akaratát: Homonnai Bálintot nem választották meg fejedelmükké. Életében is nehezen tűrték Bocskai erős kezét, halála után nekik ugyan ne parancsoljon. De nem törődtek akaratával a magyar rendek sem. Hiába kötötte a lelkükre Kassán még utolsó napjaiban is, hogy a hadakról, a szegény hajdúkról, „kik szabadságunknak megkereséséért életeket nem szánták letenni, meg ne feledkezzenek…”
Bocskait igazán csak a hajdúk, a szegénység szerette. Kolozsváron a főtéri templomban ravatalánál ott zokogott „a városi nép véne és ifja. Mind az három napig sírtak, megszabadító fejedelmeket siratták.”
Megrendítő szépségű a „Boczkaj Istvánnak quondam Magyar és Erdély országnak fejedelmének halálárul valo szep ének…” Szerzőjét nem ismerjük. A versből azonban kiderül, hogy az ismeretlen költő 1607 legelején Kassán, a temetési szertartások kezdetén, de még holttestének Erdélybe szállítása előtt írta művét. Nem tartozott az úri osztályhoz: a temetésen részt vevő urakat, „báró”-kat mint kívülálló szemléli, a Bocskai „fizetetlen” szolgáihoz, a „rongyosult besliák”-hoz, „nyomorodott árvák”-hoz tartozónak vallja magát. Őket tartja a Kassáról Gyulafehérvárra vonuló gyászkocsi legméltóbb kíséretének: „Bizonyság az ország, / Voltatok jó szolgák, / Kiről jutalomság: / Mennyei boldogság… Kísérjétek el / Ti őtet Erdélyben, / Az urak székekben / Hadd üllyenek helyben…”
Az ének a nagy hősöket és uralkodókat ünneplő és gyászoló énekek régi hagyományait is felhasználja, egyes sorai és fordulatai a Szent László királyról, illetve Mátyás halálára írt énekre emlékeztetnek.
„Magyarok bölcs attya, nemzetem szánója, / Az kit csak mutata Isten-s-meg el hiva, / Judás maradéka kit pénzért el olta, / Es minket el ronta, / tőleg hogy meg foszta. […] Országod országnál jobb legyen ez rossznál / Kit romlásban hagyál, mert úgyis találál; / Immár minyajunkkal siralmas bánatval, / Nem marad az búnál egyéb óhajtásnál. // Többet nem szólhatunk, téged im itt hagyunk. / Most csak mi siratunk, / kik szegények vagyunk, […] Országostul sírunk rajtad es zokogunk. Adgya Isten jóra, / Mit szívünk vádolna, / Gonoszt távoztassa, / tőlünk el fordítsa, / Hazánkat megtartsa, / Békességbe hozza, / Az ki magyar tagja, tudgyuk ezt kivánnya.”
Vége

Egy várandós kismama frontálisan karambolozott – megrázó videón az ütközés