Kifejezetten pozitívan alakultak a magyar–horvát kapcsolatok a rendszerváltás utáni években: 1990 tavaszán a jobbközép Horvát Demokratikus Közösség (HDZ) nyerte meg a horvátországi választásokat, ami után a kormány felkérést küldött Magyarországnak, ebben jelezték, hogy harmincezer géppisztolyt szeretnének vásárolni a rendőrség számára. Az Antall-kormány igent mondott a megkeresésre, és leszállította a volt munkásőrség tízezer géppisztolyát. Az ügylet gyorsan kitudódott, amire Belgrád felháborodottan reagált – az eset Kalasnyikov-ügy néven vált híressé. A magyar fél részéről leszállított géppisztolyok csak töredékét jelentették ugyan a horvát fegyverarzenálnak, a harcokban jó hasznát vették a hazájukat védő horvát katonák.
Az első Fidesz-kormány idején tovább mélyültek a kapcsolatok. Bár a nemzetközi közösség jelentős része 1999-ben bojkottálta Franjo Tudjman elnök temetését azzal, hogy csak alacsonyabb rangú megbízottakkal képviseltette magát, Orbán Viktor személyesen vett részt a zágrábi szertartáson. Néhány évvel később, 2003-ban pedig egy gigaüzletre került sor: 505 millió dollár vételár fejében a Mol tulajdonába került az INA egy részvénnyel több mint 25 százaléka, így a magyar olajvállalat a vétójoga révén gyakorlatilag irányító szerephez jutott.
A Mol–INA-botrány 2011-ben robbant ki, amikor a horvát tőkepiaci felügyelet piaci manipuláció és csalás miatt eljárást kezdeményezett a Mol ellen, mert szerinte a magyar vállalat „titokban” igyekezett megszerezni az INA-papírok több mint 50 százalékát. A horvátok jelenleg perben követelik a Moltól az INA irányítási jogait, mondván: a magyar olajcég korrupció révén jutott hozzájuk.
Ezt a rossz viszonyt csak tetézte a menekültválság: Zoran Milanovic horvát miniszterelnök azzal vádolta Magyarországot, hogy egy magyar–szerb megállapodás keretében a szerbek a horvát határhoz szállítják a migránsokat. Szijjártó Péter ezért arra kérte a horvát miniszterelnököt, hogy hagyja békén Magyarországot és Szerbiát. Milanovic válasza sem maradt el: most Orbán Viktort támadta, aki szerinte radikális kommunistából radikális antiliberálissá vált. A magyar kormány jelenleg abban bízik, hogy a november 8-án sorra kerülő horvát választásokon a HDZ nyer, ami után végre rendezhetik a korábban virágzó szomszédi kapcsolatokat.
