Egyes politikusi körökben ma is úgy vélik, a tábornok befolyásos testvérének köszönhette kórházigazgatói kinevezését. Az általa elkövetett bűncselekmény azonban nincs összefüggésben sem a volt miniszterrel, sem a nemzetbiztonsággal; a tényállás szerint szimpla hűtlen kezelés történt. A Magyar Nemzet 2012 júliusában írt arról, hogy Hende Csaba honvédelmi miniszter hűtlen kezelés és egyéb gazdasági vétségek gyanújával büntetőfeljelentést kezdeményezett Szilvásy István ellen.
Az akkori hírek szerint a nyugállományú dandártábornok ellen azért tettek feljelentést, mert az általa 2007 és 2010 között vezetett HM Állami Egészségügyi Központnál és intézményeinél, illetve a Honvédkórház honvédelmi tárca által felügyelt jogelődjeinél számos, gazdasági bűncselekmények gyanúját is felvető szabálytalanságot tárt fel a tárca belső ellenőrzési főosztálya.
Végül a Budapesti V. és XIII. kerületi Ügyészség 2013. év őszén emelt vádat az Állami Egészségügyi Központ (Honvédkórház) volt főigazgatója és két társa ellen folytatólagosan elkövetett, jelentős vagyoni hátrányt okozó hűtlen kezelés és más bűncselekmény – részben fiktív vállalkozási szerződés, részben pedig színlelt foglalkoztatásra irányuló munkaszerződés megkötése – miatt.
A vádirat szerint Szilvásy István a kórház főigazgatójaként 2007 októberében fiktív megbízási szerződést kötött egy tanácsadó céggel, majd 2008 februárjában főorvosként alkalmazott egy férfit, „aki nem végzett munkát, és be sem járt a kórházba”. Szilvásy ügyvédje, Kende Péter úgy nyilatkozott a Híradóban: nem lepődtek meg a vádemelésen, és könnyedén cáfolni tudják majd a vádakat. Az elsőfokú tárgyalás végén úgy tűnt, igaza volt az ügyvédnek. A Pesti Központi Kerületi Bíróság 2019. április 24-én kihirdetett elsőfokú ítéletével a három vádlottat az ellenük emelt törvényes vád alól felmentette.
Az ügyész fellebbezését követően másodfokon eljáró Fővárosi Törvényszék azonban 2020. október 9-én Szilvásy Istvánt, valamint az egyik belgyógyászati osztály volt főorvosát, a III. rendű vádlottat, mint bűnsegédet bűnösnek mondta ki folytatólagosan elkövetett, jelentős vagyoni hátrányt okozó hűtlen kezelés bűntettében, amelyért a volt főigazgatót 400 napi tétel, napi tételenként 1000 forint, míg a volt főorvost 200 napi tétel, napi tételenként 1000 forint pénzbüntetésre ítélte. A II. rendű vádlottat ezúttal is felmentették, így számára befejeződött az eljárás.
Az ítélet szerint Szilvásy István 2008 februárjában jogellenesen, színlelt foglalkoztatással osztályvezető főorvosi beosztásba nevezte ki közalkalmazottként a III. rendű vádlottat, aki a kinevezésével érintett osztály vezetése helyett valójában a főigazgató-helyettes hatáskörébe tartozó stratégiai és tudományos fejlesztési feladatok ellátását végezte. Ezért 2008 februárja és októbere közötti időben kétmillió forintot meghaladó munkabérben részesült, miközben osztályvezető főorvosi feladatait nem teljesítette.
A Fővárosi Ítélőtábla a napokban kihirdetett, jogerős harmadfokú ítéletével Szilvásy Istvánt 300 napi tétel, napi tételenként 1000 forint pénzbüntetésre ítélte, míg a III. rendű vádlottat bűncselekmény hiányában felmentette a vád alól.